data: 精炼已有 avogadro/imagej/origin/ovito/pymol/vesta 任务的 metadata steps

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2026-03-04 10:43:49 +08:00
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"possibility_of_env_change": "low",
"metadata": {
"input_files": [],
"steps": "1. 打开 Template Tool快捷键 Ctrl+3 或点击工具栏图标)。\n2. 切换到 Centers 选项卡。\n3. 输入 'Co' 或从弹出菜单中选择钴元素。\n4. 点击三次 '+' 符号,将正电荷设置为 +3。\n5. 按键 '6' 或选择八面体几何形状。\n6. 点击空白区域,放置钴中心,六个氢原子会显示在配位位置。"
"steps": "1. 按下键盘快捷键 Ctrl+3或在顶部工具栏中单击 Template Tool 图标),激活模板工具。\n2. 在左侧(或右侧)的模板工具控制面板中,单击选中 Centers 选项卡。\n3. 在键盘上依次输入字母 C 和 o以选择 Cobalt (钴) 元素作为金属中心。\n4. 在键盘上连续按下三次 + 键,将中心离子的形式电荷设置为 +3。\n5. 在键盘上按下数字键 6设定配位几何形状为 Octahedral (八面体)。\n6. 将鼠标移动到主界面的 3D 视图空白区域,单击鼠标左键,放置带有六个配位氢原子的钴中心结构。\n7. 在模板工具控制面板中,单击选中 Ligands 选项卡(或按下键盘的右方向键)。\n8. 在键盘上按下字母键 n在配体库中选择 ammine (NH3) 配体。\n9. 在 3D 视图中,将鼠标悬停并单击钴原子上的第 1 个氢原子,将其替换为氨配体。\n10. 在 3D 视图中,单击钴原子上的第 2 个氢原子,将其替换为氨配体。\n11. 在 3D 视图中,单击钴原子上的第 3 个氢原子,将其替换为氨配体。\n12. 在 3D 视图中,单击钴原子上的第 4 个氢原子,将其替换为氨配体。\n13. 在 3D 视图中,单击钴原子上的第 5 个氢原子,将其替换为氨配体。\n14. 在 3D 视图中,单击钴原子上的第 6 个氢原子,将其替换为氨配体,完成 [Co(NH3)6]3+ 化合物的构建。",
"steps_original": "1. 打开 Template Tool快捷键 Ctrl+3 或点击工具栏图标)。\n2. 切换到 Centers 选项卡。\n3. 输入 'Co' 或从弹出菜单中选择钴元素。\n4. 点击三次 '+' 符号,将正电荷设置为 +3。\n5. 按键 '6' 或选择八面体几何形状。\n6. 点击空白区域,放置钴中心,六个氢原子会显示在配位位置。"
}
}

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"possibility_of_env_change": "low",
"metadata": {
"input_files": [],
"steps": "1. 打开 Template Tool。\n2. 切换到 Centers 选项卡。\n3. 输入 'Ni' 或从弹出菜单选择镍元素。\n4. 点击两次 '+' 符号,将正电荷设置为 +2。\n5. 按键 '44' 或选择平面四方几何形状。\n6. 点击空白区域,放置镍中心,四个氢原子会显示在配位位置。"
"steps": "1. 在顶部工具栏中,单击 'Template Tool' 图标按钮(或在键盘上按 Ctrl+3 快捷键)以激活模板工具面板。\n2. 在弹出的模板工具面板中,单击顶部名为 'Centers' 的选项卡。\n3. 在键盘上依次输入字母键 'N' 和 'i',或单击元素下拉菜单选择 'Nickel',以选中镍元素。\n4. 在键盘上连续按两次 '+' 键,将中心离子的形式电荷设置为 '+2'。\n5. 在键盘上连续按两次数字键 '4',或单击几何形状下拉菜单并选择 'Square Planar',以设置平面四方配位几何构型。\n6. 将鼠标移动到 3D 模型视图的空白区域,单击鼠标左键以放置带有四个占位氢原子的镍中心。\n7. 在模板工具面板中,单击顶部名为 'Ligands' 的选项卡切换到配体模式。\n8. 在键盘上依次输入字母键 'e' 和 'n',以在配体库中选中 'ethylenediamine' (乙二胺) 配体。\n9. 在 3D 视图中,单击选中中心镍原子周围的任意一个氢原子。\n10. 在 3D 视图中,单击与上一步选中的氢原子相邻(顺式位置)的另一个氢原子,完成双齿配体的桥接结合。\n11. 在键盘上输入字母键 'n',以在配体库中切换选中 'ammine' (氨) 配体。\n12. 在 3D 视图中,单击剩余的第三个占位氢原子将其替换为氨配体。\n13. 在 3D 视图中,单击最后一个剩余的氢原子,将其替换为第二个氨配体,完成目标化合物构建。",
"steps_original": "1. 打开 Template Tool。\n2. 切换到 Centers 选项卡。\n3. 输入 'Ni' 或从弹出菜单中选择镍元素。\n4. 点击两次 '+' 符号,将正电荷设置为 +2。\n5. 按键 '44' 或选择平面四方几何形状。\n6. 点击空白区域,放置镍中心,四个氢原子会显示在配位位置。"
}
}

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"possibility_of_env_change": "low",
"metadata": {
"input_files": [],
"steps": "1. 打开 Template Tool点击 Centers 选项卡。\n2. 输入 'Zr' 或选择锆元素。\n3. 点击四次 '+',将正电荷设置为 +4。\n4. 键 '4',选择四面体几何形状。\n5. 在空白区域放置锆中心。\n6. 切换到 Ligands 选项卡,输入 'cp' 或选择环戊二烯基。\n7. 点击一个氢原子,添加第一个 Cp 配体。\n8. 点击相邻氢,添加第二个 Cp 配体。\n9. 切换到 Draw Tool快捷键 Ctrl+2。\n10. 选择 Cl 元素。\n11. 点击两个剩余氢原子,每次点击替换为氯配体。"
"steps": "1. 在键盘上按下快捷键 Ctrl+3或在工具栏中单击 \"Template Tool\" 图标按钮以激活模板工具。\n2. 在左侧界面的 Template Tool 设置面板中,单击选中 \"Centers\" 选项卡。\n3. 在键盘上依次按下字母键 'Z' 和 'r',将中心元素选定为锆 (Zirconium)。\n4. 在键盘上连续按下 '+' 键 4 次,将中心原子的形式电荷 (formal charge) 设置为 +4。\n5. 在键盘上按下数字键 '4',选择四面体 (tetrahedral) 作为配位几何构型。\n6. 将鼠标指针移动到中间的主绘图视口的空白区域,单击鼠标左键,放置一个带有四个氢原子的锆中心骨架。\n7. 在左侧界面的 Template Tool 设置面板中,单击选中 \"Ligands\" 选项卡。\n8. 在键盘上依次按下字母键 'c' 和 'p',选定环戊二烯基 (η5-cyclopentadienyl) 作为配体。\n9. 将鼠标指针移动到主绘图视口中锆中心上的任意一个氢原子球体上,单击鼠标左键,将其替换为第一个 Cp 配体。\n10. 将鼠标指针移动到与刚才位置相邻的另一个氢原子球体上,单击鼠标左键,将其替换为第二个 Cp 配体。\n11. 在键盘上按下快捷键 Ctrl+2或在工具栏中单击 \"Draw Tool\" 图标按钮以切换到绘制工具。\n12. 在左侧界面的 Draw Tool 设置面板中,单击 \"Element\" 右侧的下拉菜单选框。\n13. 在展开的元素列表中,单击选择 \"Chlorine (17)\"(或直接在键盘输入 'Cl' 选择氯元素。\n14. 将鼠标指针移动到主绘图视口中剩余的第一个氢原子球体上,单击鼠标左键,将其替换为氯配体。\n15. 将鼠标指针移动到主绘图视口中最后一个氢原子球体上,单击鼠标左键,将其替换为第二个氯配体。",
"steps_original": "1. 打开 Template Tool点击 Centers 选项卡。\n2. 输入 'Zr' 或选择锆元素。\n3. 点击四次 '+',将正电荷设置为 +4。\n4. 按键 '4',选择四面体几何形状。\n5. 在空白区域放置锆中心。\n6. 切换到 Ligands 选项卡,输入 'cp' 或选择环戊二烯基。\n7. 点击一个氢原子,添加第一个 Cp 配体。\n8. 点击相邻氢,添加第二个 Cp 配体。\n9. 切换到 Draw Tool快捷键 Ctrl+2。\n10. 选择 Cl 元素。\n11. 点击两个剩余氢原子,每次点击替换为氯配体。"
}
}

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"possibility_of_env_change": "low",
"metadata": {
"input_files": [],
"steps": "1. 点击菜单栏 Build(构建) → Insert(插入) → Molecule(分子…),打开\"插入片段\"对话框。\n2. 在\"筛选\"输入框中输入 benzene(注意:需要先切换到英文输入法再输入)。\n3. 筛选结果会显示一个 aromatics 文件夹(树形结构),需要双击或点击展开该文件夹。\n4. 展开后选中列表中的 benzene.cjson 文件。\n5. 点击\"插入\"按钮将苯环插入到工作区。\n6. 关闭\"插入片段\"对话框,确认苯环已显示在主工作界面中。"
"steps": "1. 点击菜单栏 Build(构建) → Insert(插入) → Molecule(分子…),打开\"插入片段\"对话框。\n2. 在\"筛选\"输入框中输入 benzene。\n3. 筛选结果会显示一个 aromatics 文件夹(树形结构),需要双击或点击展开该文件夹。\n4. 展开后选中列表中的 benzene.cjson 文件。\n5. 点击\"插入\"按钮将苯环插入到工作区。\n6. 点击关闭按钮关闭\"插入片段\"对话框,确认苯环已显示在主工作界面中。",
"steps_original": "1. 点击 Build → Insert → Molecule。\n2. 搜索 'benzene' 并确定插入该分子。\n3. 确保苯环显示在工作界面中。"
}
}

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"possibility_of_env_change": "low",
"metadata": {
"input_files": [],
"steps": "1. 按 'N' 键选择硝基。\n2. 点击甲基对位(苯环上的一个氢原子),将其替换为 -NO2。\n3. 确保分子结构正确。"
"steps": "1. 在键盘上输入大写字母 \"N\"(可使用 Shift + n 组合键在当前的模板工具中选择硝基Nitro group。\n2. 在主界面的 3D 分子视图区中定位到甲苯分子上与甲基基团直接相对的对位para position氢原子。\n3. 单击该对位氢原子,将其替换为硝基(-NO2),以生成 4-硝基甲苯分子。\n4. 按下键盘组合键 \"Ctrl+Alt+O\"运行几何优化Geometry Optimization以清理并确保最终分子结构正确。",
"steps_original": "1. 按 'N' 键选择硝基。\n2. 点击甲基对位(苯环上的一个氢原子),将其替换为 -NO2。\n3. 确保分子结构正确。"
}
}

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"possibility_of_env_change": "low",
"metadata": {
"input_files": [],
"steps": "1. 按 Ctrl+Alt+O 或点击 Auto Optimize 工具执行几何优化。\n2. 检查分子是否获得合乎逻辑的几何结构。"
"steps": "1. 在当前激活的 Avogadro 2 主窗口中,按下键盘上的 Ctrl+Alt+O 组合键触发几何优化。\n2. 在主界面的 3D 渲染视图中,观察甲苯分子的空间结构变化。\n3. 等待分子的原子位置停止移动,确认其几何构型已优化至合理的化学结构。",
"steps_original": "1. 按 Ctrl+Alt+O 或点击 Auto Optimize 工具执行几何优化。\n2. 检查分子是否获得合乎逻辑的几何结构。"
}
}

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"possibility_of_env_change": "low",
"metadata": {
"input_files": [],
"steps": "1. 使用 Draw Tool 在界面中绘制一个单碳。\n2. 激活 Template Tool,通过按 Ctrl+3 或点击工具栏上的图标进入 Groups。\n3. 按 'C' 或 'co' 选择羧基。\n4. 点击单碳结构上的一个氢原子,将其替换为羧基。"
"steps": "1. 在软件主工具栏中,单击选中 \"Draw Tool\" 工具图标。\n2. 在主视窗的空白3D显示区域中单击鼠标左键绘制生成一个单碳结构甲烷包含一个碳和四个氢。\n3. 按下键盘快捷键 Ctrl+3或单击主工具栏上的 Template Tool 图标),激活 \"Template Tool\"。\n4. 在 Template Tool 的面板中,单击选中 \"Groups\" 选项卡(或按键盘右方向键两次切换到该选项卡)。\n5. 在键盘上输入大写字母 C或输入 co2以选择羧基carboxylate模板。\n6. 将鼠标光标移动到主视窗中刚绘制的单碳结构上,对准其中任意一个氢原子(白色球体)。\n7. 单击鼠标左键,将该氢原子替换为羧基(-COOH完成结构的添加。",
"steps_original": "1. 使用 Draw Tool 在界面中绘制一个单碳。\n2. 激活 Template Tool通过按 Ctrl+3 或点击工具栏上的图标进入 Groups。\n3. 按 'C' 或 'co' 选择羧基。\n4. 点击单碳结构上的一个氢原子,将其替换为羧基。"
}
}

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"possibility_of_env_change": "low",
"metadata": {
"input_files": [],
"steps": "1. 插入苯环。\n2. 按 'C' 键选择羧基,并添加到苯环的第 1 个位置。\n3. 按 'N' 键选择硝基,并添加到苯环的第 3 个位置。\n4. 按 'om' 键选择甲氧基,并添加到苯环的第 4 个位置。\n5. 使用优化工具进行几何优化并检查分子是否正确。"
"steps": "1. 单击顶部菜单栏的 \"Build\"。\n2. 在弹出的下拉菜单中,将鼠标悬停在 \"Insert\" 上以展开子菜单。\n3. 单击子菜单中的 \"Molecule...\",打开分子插入对话框。\n4. 将鼠标光标定位到对话框的搜索输入框中,输入文本 \"benzene\"。\n5. 在下方显示的搜索结果列表中,单击选中 \"benzene\" 项。\n6. 单击对话框上的 \"Insert\" (或对应的确认) 按钮,将苯环插入到主绘图区。\n7. 按下键盘快捷键 `Ctrl+3`,激活 \"Template Tool\"(模板工具)。\n8. 在界面左侧(或右侧)的工具选项面板中,单击选中 \"Groups\" 标签页(或按两次键盘右方向键 `->` 进行切换)。\n9. 在键盘上直接输入大写字母 `C`,以设定当前要添加的官能团为羧基 (Carboxyl)。\n10. 在主绘图区中单击苯环上的任意一个白色氢原子球计为位置1将其替换为羧基。\n11. 在键盘上直接输入大写字母 `N`,以设定当前要添加的官能团为硝基 (Nitro)。\n12. 在主绘图区中单击苯环上与羧基相隔一个碳原子的白色氢原子球间位即位置3将其替换为硝基。\n13. 在键盘上直接输入小写字母 `om`,以设定当前要添加的官能团为甲氧基 (Methoxy)。\n14. 在主绘图区中单击苯环上与羧基处于正对面的白色氢原子球对位即位置4将其替换为甲氧基。\n15. 按下键盘快捷键 `Ctrl+Alt+O`,调用优化功能清理并自动调整分子的几何空间构型。",
"steps_original": "1. 插入苯环。\n2. 按 'C' 键选择羧基,并添加到苯环的第 1 个位置。\n3. 按 'N' 键选择硝基,并添加到苯环的第 3 个位置。\n4. 按 'om' 键选择甲氧基,并添加到苯环的第 4 个位置。\n5. 使用优化工具进行几何优化并检查分子是否正确。"
}
}

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"possibility_of_env_change": "low",
"metadata": {
"input_files": [],
"steps": "1. 打开 Avogadro 软件。\n2. 点击菜单栏中的 Analysis。\n3. 从下拉菜单选择 Properties。\n4. 点击 Molecular...。\n5. 在弹出的 'Molecular Properties' 窗口中查看分子的名字和相关信息,例如分子质量、化学式、原子数和键数。"
"steps": "1. 打开 Avogadro 软件。\n2. 在软件顶部菜单栏中,单击 \"Analysis\" 菜单。\n3. 在弹出的下拉菜单中,单击 \"Properties\" 菜单项以展开下一级子菜单。\n4. 在弹出的子菜单中,单击 \"Molecular...\" 菜单项。\n5. 等待名为 \"Molecular Properties\" 的对话框窗口弹出。\n6. 在 \"Molecular Properties\" 窗口中查看 \"Molecule Name\" 标签右侧显示的文本,获取分子的 IUPAC 名称。\n7. 在同一个窗口中,继续查看 \"Molecular Mass (g/mol)\"、\"Chemical Formula\"、\"Number of Atoms\" 和 \"Number of Bonds\" 标签右侧对应的属性数值。\n8. 查看完毕后,单击窗口右下角的蓝色 \"OK\" 按钮以关闭该对话框。",
"steps_original": "1. 打开 Avogadro 软件。\n2. 点击菜单栏中的 Analysis。\n3. 从下拉菜单选择 Properties。\n4. 点击 Molecular...。\n5. 在弹出的 'Molecular Properties' 窗口中查看分子的名字和相关信息,例如分子质量、化学式、原子数和键数。"
}
}

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"possibility_of_env_change": "low",
"metadata": {
"input_files": [],
"steps": "1. 打开 Avogadro 软件并加载目标分子的模型。\n2. 通过菜单栏选择 Analyze → Create Surfaces。\n3. 在弹出的 Create Surfaces 对话框中,Surface 设置为 'Van der Waals'。\n4. Color By 设置为 'Electrostatic Potential'。\n5. 选择一个电荷模型(例如 'EEM')。\n6. 选择色阶为 'Balance'。\n7. 点击 'Calculate' 按钮开始计算表面。\n8. 等待软件完成计算,点击 'Close' 关闭对话框。"
"steps": "1. 单击顶部菜单栏的 \"Analyze\" 菜单项。\n2. 在展开的下拉菜单中,单击选中 \"Create Surfaces...\" 选项。\n3. 在弹出的 \"Create Surfaces\" 对话框中,单击 \"Surface:\" 标签右侧的下拉菜单。\n4. 在展开的下拉列表中,单击选中 \"Van der Waals\" 选项。\n5. 单击 \"Color by:\" 标签右侧的第一个下拉菜单。\n6. 在展开的下拉列表中,单击选中 \"Electrostatic Potential\" 选项。\n7. 单击 \"Color by:\" 行右侧的第二个下拉菜单(位于 Electrostatic Potential 右侧)。\n8. 在展开的下拉列表中,单击选中 \"EEM\" 选项。\n9. 单击 \"Colormap:\" 标签右侧的下拉菜单。\n10. 在展开的下拉列表中,单击选中 \"Balance\" 选项。\n11. 单击对话框左下角的 \"Calculate\" 按钮。\n12. 等待计算完成后,单击对话框右下角的 \"Close\" 按钮关闭对话框。",
"steps_original": "1. 打开 Avogadro 软件并加载目标分子的模型。\n2. 通过菜单栏选择 Analyze → Create Surfaces。\n3. 在弹出的 Create Surfaces 对话框中,将 Surface 设置为 'Van der Waals'。\n4. 将 Color By 设置为 'Electrostatic Potential'。\n5. 选择一个电荷模型(例如 'EEM')。\n6. 选择色阶为 'Balance'。\n7. 点击 'Calculate' 按钮开始计算表面。\n8. 等待软件完成计算,点击 'Close' 关闭对话框。"
}
}