data: 精炼已有 avogadro/imagej/origin/ovito/pymol/vesta 任务的 metadata steps

This commit is contained in:
2026-03-04 10:43:49 +08:00
parent b1052c79cf
commit 9431bd5bfc
67 changed files with 134 additions and 67 deletions

View File

@@ -52,6 +52,7 @@
"input_files": [
"example_structure.cif"
],
"steps": "1. 启动 VESTA 软件\n2. 点击 File → Open。\n3. 在文件浏览窗口中选择 example_structure.cif 文件。\n4. 点击 Open 按钮加载文件。\n5. 确认结构已显示在视图窗口中。"
"steps": "1. 双击桌面上的 VESTA 快捷方式图标启动软件\n2. 单击软件主界面顶部菜单栏中的 \"File\" 菜单\n3. 在展开的下拉菜单中,单击 \"Open...\" 选项\n4. 在弹出的文件浏览对话框中,单击底部的 \"文件名\" (File name) 输入框\n5. 在输入框中输入 \"example_structure.cif\"\n6. 单击文件浏览对话框右下角的 \"Open\" (或 \"打开\") 按钮加载文件",
"steps_original": "1. 启动 VESTA 软件。\n2. 点击 File → Open。\n3. 在文件浏览窗口中选择 example_structure.cif 文件。\n4. 点击 Open 按钮加载文件。\n5. 确认结构已显示在视图窗口中。"
}
}

View File

@@ -52,6 +52,7 @@
"input_files": [
"sample.cif"
],
"steps": "1. 启动 VESTA 软件。\n2. File → Open打开文件浏览器。\n3. 选择 sample.cif 文件并点击 Open。\n4. 加载文件后,点击 Edit → Data。\n5. 选择 Unit Cell 标签。\n6. 查看 Symmetry 选项卡中显示的对称性信息。"
"steps": "1. 双击桌面或开始菜单中的 VESTA 软件快捷方式图标以启动程序。\n2. VESTA 主窗口顶部菜单栏中的“File”菜单。\n3. 单击展开的“File”下拉菜单中的“Open...”选项。\n4. 在弹出的文件浏览对话框中导航至目标文件所在文件夹单击选中名为“sample.cif”的文件。\n5. 单击文件浏览对话框右下角的“Open”按钮以加载晶体结构文件。\n6. 待主窗口图形区显示晶体结构后单击顶部菜单栏中的“Edit”菜单。\n7. 单击展开的“Edit”下拉菜单中的“Edit Data...”选项。\n8. 在弹出的“Edit Data”对话框中单击界面顶部选项卡行中的“Unit cell标签。\n9. 在切换后的“Unit cell”页面中观察左侧“Symmetry”区域查看“System”和“Space Group”列表内当前高亮选中的对称性参数信息。\n10. 查看完毕后单击对话框右下角的“Cancel”或“OK”按钮以关闭窗口。",
"steps_original": "1. 启动 VESTA 软件。\n2. 点击 File → Open打开文件浏览器。\n3. 选择 sample.cif 文件并点击 Open。\n4. 加载文件后,点击 Edit → Data。\n5. 选择 Unit Cell 标签。\n6. 查看 Symmetry 选项卡中显示的对称性信息。"
}
}

View File

@@ -52,6 +52,7 @@
"input_files": [
"example_structure.cif"
],
"steps": "1. 打开 VESTA 软件并加载 example_structure.vesta 文件。\n2. 点击 Edit → Properties。\n3. 在 Properties 对话框中选择 Polyhedra 标签。\n4. 勾选 Enable Polyhedra 绘图。\n5. 调整 Transparency 滑块到所需透明度值,例如 50%。\n6. 点击 OK 按钮保存设置。\n7. 验证主视图窗口中 Polyhedra 的更新显示。"
"steps": "1. 点击左上角的 'File' 菜单。\n2. 在下拉菜单中选择 'Open...'\n3. 在弹出的文件选择对话框中,浏览并选中 'example_structure.vesta' 文件,然后点击 'Open' 按钮。\n4. 点击菜单栏的 'Edit' 菜单。\n5. 在下拉菜单中选择 'Properties...'。\n6. 在弹出的 'Properties' 对话框中,点击包含 'Polyhedra' 文字的标签页以切换到该选项卡。\n7. 在 'Polyhedra' 页面中,找到并勾选 'Enable Polyhedra' 复选框(如果它还未被勾选的话)。\n8. 找到 'Opacity' 滑块代表透明度值越高越不透明因此50%透明度对应于Opacity 50% 或 0.5)。\n9. 将光标放在 'Opacity' 滑块上,点击并拖动,或者在旁边的输入框中清空当前值并输入 '50'(取决于界面的具体实现,这里假设直接拖动或输入)。\n10. 点击 'Properties' 对话框右下角的 'OK' 按钮。\n11. 观察主视图窗口确认多面体Polyhedra是否已经显示并且具有预期的透明效果。",
"steps_original": "1. 打开 VESTA 软件并加载 example_structure.vesta 文件。\n2. 点击 Edit → Properties。\n3. 在 Properties 对话框中选择 Polyhedra 标签。\n4. 勾选 Enable Polyhedra 绘图。\n5. 调整 Transparency 滑块到所需透明度值,例如 50%。\n6. 点击 OK 按钮保存设置。\n7. 验证主视图窗口中 Polyhedra 的更新显示。"
}
}

View File

@@ -52,6 +52,7 @@
"input_files": [
"example_structure.cif"
],
"steps": "1. 打开 VESTA 软件并加载文件 loaded_structure.vesta。\n2. 在顶部菜单中选择 View → Display Style。\n3. 在弹出的对话框中选择 Ball-and-Stick 模式。\n4. 点击 OK 按钮应用设置。\n5. 查看主视图窗口以确认显示模式已改变。"
"steps": "1. 双击桌面上的 \"VESTA\" 快捷方式图标启动软件。\n2. 单击主界面顶部菜单栏中的 \"File\" 菜单项。\n3. 在展开的下拉菜单中,单击 \"Open...\" 菜单项。\n4. 在弹出的文件选择对话框中,单击文件名输入框以获取焦点。\n5. 在文件名输入框中,输入 \"example_structure.cif\"。\n6. 单击文件选择对话框底部的 \"Open\" 按钮加载文件。\n7. 单击主界面顶部菜单栏中的 \"View\" 菜单项。\n8. 在展开的下拉菜单中,单击 \"Display Style\" 菜单项。\n9. 在弹出的对话框中,单击标签为 \"Ball-and-Stick\" 的单选按钮将其选中。\n10. 单击对话框底部的 \"OK\" 按钮应用更改并关闭对话框。",
"steps_original": "1. 打开 VESTA 软件并加载文件 loaded_structure.vesta。\n2. 在顶部菜单中选择 View → Display Style。\n3. 在弹出的对话框中选择 Ball-and-Stick 模式。\n4. 点击 OK 按钮应用设置。\n5. 查看主视图窗口以确认显示模式已改变。"
}
}

View File

@@ -39,6 +39,7 @@
"possibility_of_env_change": "low",
"metadata": {
"input_files": [],
"steps": "1. 在 VESTA 软件中打开任何结构文件。\n2. 点击垂直工具栏中的 Measure Distance 工具。\n3. 在主视图窗口中选择两个要测量距离的原子。\n4. 在 Measure Distance 工具下确认显示两个原子之间的距离。\n5. 验证输出的距离值是否正确显示。"
"steps": "1. 单击顶部菜单栏的 \"File\" 菜单。\n2. 单击下拉菜单中的 \"Open...\" 选项。\n3. 在弹出的文件浏览对话框中,单击选中一个目标结构文件。\n4. 单击对话框底部的 \"Open\" 按钮以加载该文件。\n5. 在主界面左侧的垂直工具栏中,找到并单击 \"Measure distance\" 工具按钮(图标显示为两个由线段连接的蓝色小球,并带有一个测量标记)。\n6. 在主界面的 3D 视图窗口Graphics Area单击选中要测量的第一个目标原子。\n7. 在主界面的 3D 视图窗口中,单击选中要测量的第二个目标原子。\n8. 观察主界面底部的 \"Text Area\" (Output 面板) 区域。\n9. 在该区域输出的最新文本信息中,读取这两个原子之间的距离值。",
"steps_original": "1. 在 VESTA 软件中打开任何结构文件。\n2. 点击垂直工具栏中的 Measure Distance 工具。\n3. 在主视图窗口中选择两个要测量距离的原子。\n4. 在 Measure Distance 工具下确认显示两个原子之间的距离。\n5. 验证输出的距离值是否正确显示。"
}
}

View File

@@ -52,6 +52,7 @@
"input_files": [
"MgB2.cif"
],
"steps": "1. 打开 VESTA 软件并加载文件 MgB2.cif。\n2. 点击左侧侧边栏的 Objects → Boundary 按钮,打开 Boundary 对话框。\n3. 在对话框中调整范围 (x[min], x[max], y[min], y[max], z[min], z[max]) 为自定义值,例如 0 到 1。\n4. OK 或 Apply 按钮。\n5. 查看修改后的晶体绘图边界显示在主视图中。"
"steps": "1. 双击桌面上的 VESTA 软件快捷方式图标,启动 VESTA 软件。\n2. 单击顶部菜单栏的 \"File\" 菜单。\n3. 在展开的下拉菜单中,单击选择 \"Open...\" 选项,弹出文件选择对话框。\n4. 在文件选择对话框的列表中,定位并单击选中 \"MgB2.cif\" 文件。\n5. 单击文件选择对话框右下角的 \"打开\"(或 Open按钮加载该晶体文件。\n6. 在软件主界面左侧侧边栏中,单击 \"Objects\" 选项卡使其展开为活动面板。\n7. 在 Objects 选项卡面板中,找到并单击 \"Boundary\" 按钮,打开 \"Boundary\" 对话框。\n8. 在 Boundary 对话框内,找到 \"Ranges of fractional coordinates\" 分组区域。\n9. 将光标定位到 \"x(min)\" 标签右侧的文本输入框,单击选中,清空已有数值,输入 \"0\"。\n10. 将光标定位到 \"x(max)\" 标签右侧的文本输入框,单击选中,清空已有数值,输入 \"1\"。\n11. 将光标定位到 \"y(min)\" 标签右侧的文本输入框,单击选中,清空已有数值,输入 \"0\"。\n12. 将光标定位到 \"y(max)\" 标签右侧的文本输入框,单击选中,清空已有数值,输入 \"1\"。\n13. 将光标定位到 \"z(min)\" 标签右侧的文本输入框,单击选中,清空已有数值,输入 \"0\"。\n14. 将光标定位到 \"z(max)\" 标签右侧的文本输入框,单击选中,清空已有数值,输入 \"1\"。\n15. Boundary 对话框底部的 \"OK\" 按钮,应用自定义边界范围并关闭对话框。\n16. 将视线移回主界面的图形视图区Graphics Area观察并确认晶体绘图边界已根据设定的 0 到 1 范围重新渲染显示。",
"steps_original": "1. 打开 VESTA 软件并加载文件 MgB2.cif。\n2. 点击左侧侧边栏的 Objects → Boundary 按钮,打开 Boundary 对话框。\n3. 在对话框中调整范围 (x[min], x[max], y[min], y[max], z[min], z[max]) 为自定义值,例如 0 到 1。\n4. 点击 OK 或 Apply 按钮。\n5. 查看修改后的晶体绘图边界显示在主视图中。"
}
}

View File

@@ -52,6 +52,7 @@
"input_files": [
"xTiO2.cif"
],
"steps": "1. 打开 VESTA 软件并加载 xTiO2.vesta 文件。\n2. 点击 Edit → Properties。\n3. 在对话框中导航到 Bonds 页面。\n4. 调整 Radius (cylinder) 输入框值,例如更改为 0.3。\n5. 修改颜色设置为 RGB 值 (100, 150, 200)。\n6. OK 按钮保存更改并关闭对话框。\n7. 确保更改在主视图中可见。"
"steps": "1. 在桌面上双击 VESTA 软件图标以启动程序。\n2. 在 VESTA 软件界面的顶部菜单栏中,单击 \"File\" 菜单项。\n3. 在弹出的下拉菜单中,单击选中 \"Open...\" 选项打开文件浏览器。\n4. 在文件选择对话框中,导航至目标文件夹并单击选中 \"xTiO2.vesta\" 文件。\n5. 单击文件选择对话框右下角的 \"打开\" 按钮完成文件加载。\n6. 在主界面的顶部菜单栏中,单击选中 \"Edit\" 菜单项。\n7. 在弹出的下拉菜单中,单击选中 \"Properties...\" 选项以打开 Properties 对话框。\n8. 在 Properties 对话框顶部的选项卡列表中,单击选中 \"Bonds\" 标签页。\n9. 在 Bonds 页面中找到中下部的 \"Radius and color\" 区域,将鼠标光标定位到 \"Radius (cylinder):\" 标签右侧的数值输入框。\n10. 双击该输入框全选当前的默认数值(如 0.25),通过键盘输入新数值 \"0.3\"。\n11. 在同区域找到 \"Color:\" 标签右侧的三个连续的 RGB 数值输入框,将光标定位到第一个输入框(对应 R 值)。\n12. 双击全选第一个输入框的内容,通过键盘输入 \"100\"。\n13. 将鼠标光标定位到第二个输入框(对应 G 值)。\n14. 双击全选第二个输入框的内容,通过键盘输入 \"150\"。\n15. 将鼠标光标定位到第三个输入框(对应 B 值)。\n16. 双击全选第三个输入框的内容,通过键盘输入 \"200\"。\n17. Properties 对话框底部的 \"OK\" 按钮保存设置并关闭对话框。\n18. 将鼠标移至 VESTA 主界面的 3D 图形视图区域单击一次,确认并查看化学键尺寸与颜色的更新效果。",
"steps_original": "1. 打开 VESTA 软件并加载 xTiO2.vesta 文件。\n2. 点击 Edit → Properties。\n3. 在对话框中导航到 Bonds 页面。\n4. 调整 Radius (cylinder) 输入框值,例如更改为 0.3。\n5. 修改颜色设置为 RGB 值 (100, 150, 200)。\n6. 点击 OK 按钮保存更改并关闭对话框。\n7. 确保更改在主视图中可见。"
}
}

View File

@@ -52,6 +52,7 @@
"input_files": [
"Si.cif"
],
"steps": "1. 打开 VESTA 软件并加载文件 Si.cif。\n2. 在顶部菜单中选择 View → Lattice Planes。\n3. 在对话框中选择 [110] 方向作为投影。\n4. 点击 OK 按钮应用更改\n5. 确认主视图窗口中显示的是 [110] 方向的晶体投影。"
"steps": "1. 双击桌面上的 \"VESTA\" 快捷方式图标打开软件\n2. 在顶部菜单栏中,单击选中 \"File\" 菜单\n3. 在弹出的下拉菜单中,单击选中 \"Open...\" 选项\n4. 在弹出的文件浏览对话框中,导航并单击选中 \"Si.cif\" 文件\n5. 单击文件浏览对话框底部的 \"打开\" 按钮加载文件\n6. 在顶部菜单栏中,单击选中 \"View\" 菜单\n7. 在弹出的下拉菜单中,单击选中 \"Lattice Planes\" 选项,打开投影方向设置对话框\n8. 在弹出的对话框中,单击将光标定位到代表晶面方向的 \"h\" 输入框\n9. 清空 \"h\" 输入框中的已有内容,输入数字 \"1\"\n10. 单击将光标定位到代表晶面方向的 \"k\" 输入框\n11. 清空 \"k\" 输入框中的已有内容,输入数字 \"1\"\n12. 单击将光标定位到代表晶面方向的 \"l\" 输入框\n13. 清空 \"l\" 输入框中的已有内容,输入数字 \"0\"\n14. 单击对话框底部的 \"OK\" 按钮应用更改并关闭对话框\n15. 观察主视图窗口,确认晶体结构已按 [110] 方向进行投影显示",
"steps_original": "1. 打开 VESTA 软件并加载文件 Si.cif。\n2. 在顶部菜单中选择 View → Lattice Planes。\n3. 在对话框中选择 [110] 方向作为投影。\n4. 点击 OK 按钮应用更改。\n5. 确认主视图窗口中显示的是 [110] 方向的晶体投影。"
}
}

View File

@@ -52,6 +52,7 @@
"input_files": [
"rutile_TiO2.cif"
],
"steps": "1. 打开 VESTA 软件并加载 rutile_TiO2.cif 文件\n2. 在顶部菜单中选择 File → Export → 2D Image。\n3. 在弹出的对话框中设置输出格式为 PNG并选择合适的分辨率 (例如 300 dpi)。\n4. 设置保存路径为桌面并命名文件为 projection.png。\n5. 点击 Save 以导出图像。\n6. 验证桌面的 PNG 文件是否正确生成。"
"steps": "1. 双击桌面上的 \"VESTA\" 快捷方式图标以启动软件\n2. 单击软件顶部菜单栏的 \"File\" 菜单\n3. 在展开的下拉菜单中,单击 \"Open...\" 菜单项\n4. 在弹出的文件选择对话框中,单击顶部的地址路径输入框\n5. 输入 rutile_TiO2.cif 文件所在的文件夹路径并按下回车键\n6. 在对话框的文件列表中,单击选中 \"rutile_TiO2.cif\" 文件\n7. 单击对话框右下角的 \"打开\" 或 \"Open\" 按钮加载晶体模型\n8. 模型加载完成后,单击顶部菜单栏的 \"File\" 菜单\n9. 在展开的下拉菜单中,单击 \"Export Raster Image...\" 或 \"Export 2D Image...\" 菜单项\n10. 在弹出的文件保存对话框中,单击左侧导航栏的 \"Desktop\" (桌面) 图标以设置保存路径\n11. 单击对话框下方的 \"File name:\" (文件名) 输入框\n12. 清空输入框中的已有内容,输入文字 \"projection\"\n13. 单击 \"Save as type:\" (保存类型) 下拉菜单\n14. 在展开的下拉列表中,单击选中 \"PNG (*.png)\" 格式选项\n15. 单击对话框右下角的 \"Save\" (保存) 按钮\n16. 在弹出的图像导出参数设置对话框中,单击选中 \"Resolution (dpi)\" (分辨率) 对应的数值输入框\n17. 清空输入框内的内容,输入数值 \"300\"\n18. 单击该对话框底部的 \"OK\" 按钮执行导出操作\n19. 单击 VESTA 软件主窗口右上角的 \"最小化\" 按钮返回系统桌面\n20. 在系统桌面上找到新生成的 \"projection.png\" 文件,双击打开以验证二维投影视图是否正确",
"steps_original": "1. 打开 VESTA 软件并加载 rutile_TiO2.cif 文件。\n2. 在顶部菜单中选择 File → Export → 2D Image。\n3. 在弹出的对话框中设置输出格式为 PNG并选择合适的分辨率 (例如 300 dpi)。\n4. 设置保存路径为桌面并命名文件为 projection.png。\n5. 点击 Save 以导出图像。\n6. 验证桌面的 PNG 文件是否正确生成。"
}
}

View File

@@ -52,6 +52,7 @@
"input_files": [
"YBa2Cu3O7.cif"
],
"steps": "1. 打开 VESTA 软件并加载文件 YBa2Cu3O7.vesta。\n2. 在顶部菜单中选择 Edit → Data → Reciprocal Lattice Parameters\n3. 查看弹出的对话框中的倒易晶格详细数据。\n4. 点击 OK 关闭对话框。\n5. 验证数据是否已在 Text Area 中正确显示。"
"steps": "1. 双击桌面上的\"VESTA\"快捷方式图标以打开软件\n2. 在主界面的顶部菜单栏中,单击\"File\"菜单\n3. 在展开的下拉菜单中,单击\"Open...\"选项\n4. 在弹出的文件选择对话框中,浏览文件目录并单击选中名为\"YBa2Cu3O7.vesta\"的文件\n5. 单击对话框底部的\"打开(Open)\"按钮完成文件加载\n6. 在主界面的顶部菜单栏中,单击\"Edit\"菜单\n7. 在展开的下拉菜单中,将鼠标光标悬停在\"Data\"菜单项上以展开级联子菜单\n8. 在展开的子菜单中,单击\"Reciprocal Lattice Parameters\"选项\n9. 观察弹出的数据对话框,检视其中显示的倒易晶格几何参数\n10. 单击该对话框底部的\"OK\"按钮以关闭当前弹窗\n11. 在 VESTA 主界面下方,定位到名为\"Text Area\"(输出面板)的文本区域\n12. 单击并拖动该文本区域的垂直滚动条,检查最新输出的日志中是否包含刚才查看的倒易晶格数据",
"steps_original": "1. 打开 VESTA 软件并加载文件 YBa2Cu3O7.vesta。\n2. 在顶部菜单中选择 Edit → Data → Reciprocal Lattice Parameters。\n3. 查看弹出的对话框中的倒易晶格详细数据。\n4. 点击 OK 关闭对话框。\n5. 验证数据是否已在 Text Area 中正确显示。"
}
}

View File

@@ -52,6 +52,7 @@
"input_files": [
"monazite.cif"
],
"steps": "1. 打开 VESTA 软件并加载文件 monazite.vesta。\n2. 在顶部菜单中选择 Utilities → Fourier Synthesis。\n3. 在弹出的对话框中设置分辨率值为 0.05。\n4. 点击 Calculate 按钮开始生成电子密度图。\n5. 验证生成的图形是否出现在主视图中。"
"steps": "1. 双击桌面上的 VESTA 快捷方式图标启动软件。\n2. 在顶部菜单栏中,单击 \"File\" 菜单。\n3. 在展开的下拉菜单中,单击 \"Open...\" 选项。\n4. 在弹出的文件选择对话框中,浏览并单击选中名为 \"monazite.vesta\" 的文件。\n5. 单击文件选择对话框右下角的 \"打开(Open)\" 按钮以加载该文件。\n6. 在主界面的顶部菜单栏中,单击 \"Utilities\" 菜单。\n7. 在展开的下拉菜单中,单击 \"Fourier Synthesis...\" 选项。\n8. 在弹出的 \"Fourier Synthesis\" 对话框中,单击顶部标签为 \"Resolution (Å):\" 的输入框。\n9. 清空该输入框中的现有内容。\n10. 在该输入框中通过键盘输入数值 \"0.05\"。\n11. 单击对话框右上角的 \"Calculate\" 按钮以执行计算。\n12. 单击对话框正下方的 \"Close\" 按钮以关闭当前对话框。\n13. 观察 VESTA 的 3D 主视图区域,确认电子密度图已成功渲染并显示。",
"steps_original": "1. 打开 VESTA 软件并加载文件 monazite.vesta。\n2. 在顶部菜单中选择 Utilities → Fourier Synthesis。\n3. 在弹出的对话框中设置分辨率值为 0.05。\n4. 点击 Calculate 按钮开始生成电子密度图。\n5. 验证生成的图形是否出现在主视图中。"
}
}