feat: 新增科研软件 benchmark 任务数据
- 新增 avogadro/imagej/jade/origin/ovito/pymol/vesta 等科研软件任务 JSON - 修改 vllm_eval.py，修改图片文件名称为第x步 - desktop_env.py 添加额外数据参数 config 和 metadata
This commit is contained in:
@@ -0,0 +1,44 @@
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||||
{
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||||
"id": "building-metal-complexes_task1",
|
||||
"snapshot": "avogadro",
|
||||
"instruction": "在 Avogadro 2 中，使用 Template Tool 创建 [Co(NH3)6]3+ 配位化合物，设置为八面体配位几何。",
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||||
"source": "custom",
|
||||
"config": [
|
||||
{
|
||||
"type": "launch",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"command": [
|
||||
"C:\\Avogadro2\\bin\\avogadro2.exe"
|
||||
]
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": "sleep",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"seconds": 5
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
],
|
||||
"trajectory": "trajectories/",
|
||||
"related_apps": [
|
||||
"avogadro"
|
||||
],
|
||||
"evaluator": {
|
||||
"postconfig": [
|
||||
{
|
||||
"type": "sleep",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"seconds": 3
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
],
|
||||
"func": "vllm_eval"
|
||||
},
|
||||
"proxy": false,
|
||||
"fixed_ip": false,
|
||||
"possibility_of_env_change": "low",
|
||||
"metadata": {
|
||||
"input_files": [],
|
||||
"steps": "1. 打开 Template Tool（快捷键 Ctrl+3 或点击工具栏图标）。\n2. 切换到 Centers 选项卡。\n3. 输入 'Co' 或从弹出菜单中选择钴元素。\n4. 点击三次 '+' 符号，将正电荷设置为 +3。\n5. 按键 '6' 或选择八面体几何形状。\n6. 点击空白区域，放置钴中心，六个氢原子会显示在配位位置。"
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
@@ -0,0 +1,44 @@
|
||||
{
|
||||
"id": "building-metal-complexes_task3",
|
||||
"snapshot": "avogadro",
|
||||
"instruction": "在 Avogadro 2 中，使用 Template Tool 创建 [Ni(en)(NH3)2]2+ 配位化合物，设置为平面四方配位几何。",
|
||||
"source": "custom",
|
||||
"config": [
|
||||
{
|
||||
"type": "launch",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"command": [
|
||||
"C:\\Avogadro2\\bin\\avogadro2.exe"
|
||||
]
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": "sleep",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"seconds": 5
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
],
|
||||
"trajectory": "trajectories/",
|
||||
"related_apps": [
|
||||
"avogadro"
|
||||
],
|
||||
"evaluator": {
|
||||
"postconfig": [
|
||||
{
|
||||
"type": "sleep",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"seconds": 3
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
],
|
||||
"func": "vllm_eval"
|
||||
},
|
||||
"proxy": false,
|
||||
"fixed_ip": false,
|
||||
"possibility_of_env_change": "low",
|
||||
"metadata": {
|
||||
"input_files": [],
|
||||
"steps": "1. 打开 Template Tool。\n2. 切换到 Centers 选项卡。\n3. 输入 'Ni' 或从弹出菜单中选择镍元素。\n4. 点击两次 '+' 符号，将正电荷设置为 +2。\n5. 按键 '44' 或选择平面四方几何形状。\n6. 点击空白区域，放置镍中心，四个氢原子会显示在配位位置。"
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
@@ -0,0 +1,44 @@
|
||||
{
|
||||
"id": "building-metal-complexes_task7",
|
||||
"snapshot": "avogadro",
|
||||
"instruction": "在 Avogadro 2 中，创建具有两个环戊二烯基 (Cp) 和两个氯配体的 ZrCp2Cl2 配合物。",
|
||||
"source": "custom",
|
||||
"config": [
|
||||
{
|
||||
"type": "launch",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"command": [
|
||||
"C:\\Avogadro2\\bin\\avogadro2.exe"
|
||||
]
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": "sleep",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"seconds": 5
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
],
|
||||
"trajectory": "trajectories/",
|
||||
"related_apps": [
|
||||
"avogadro"
|
||||
],
|
||||
"evaluator": {
|
||||
"postconfig": [
|
||||
{
|
||||
"type": "sleep",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"seconds": 3
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
],
|
||||
"func": "vllm_eval"
|
||||
},
|
||||
"proxy": false,
|
||||
"fixed_ip": false,
|
||||
"possibility_of_env_change": "low",
|
||||
"metadata": {
|
||||
"input_files": [],
|
||||
"steps": "1. 打开 Template Tool，点击 Centers 选项卡。\n2. 输入 'Zr' 或选择锆元素。\n3. 点击四次 '+'，将正电荷设置为 +4。\n4. 按键 '4'，选择四面体几何形状。\n5. 在空白区域放置锆中心。\n6. 切换到 Ligands 选项卡，输入 'cp' 或选择环戊二烯基。\n7. 点击一个氢原子，添加第一个 Cp 配体。\n8. 点击相邻氢，添加第二个 Cp 配体。\n9. 切换到 Draw Tool（快捷键 Ctrl+2）。\n10. 选择 Cl 元素。\n11. 点击两个剩余氢原子，每次点击替换为氯配体。"
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
@@ -0,0 +1,44 @@
|
||||
{
|
||||
"id": "building-organic-molecules_task1",
|
||||
"snapshot": "avogadro",
|
||||
"instruction": "在 Avogadro 2 中，使用软件的 Build 工具插入一个苯环。",
|
||||
"source": "custom",
|
||||
"config": [
|
||||
{
|
||||
"type": "launch",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"command": [
|
||||
"C:\\Avogadro2\\bin\\avogadro2.exe"
|
||||
]
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": "sleep",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"seconds": 5
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
],
|
||||
"trajectory": "trajectories/",
|
||||
"related_apps": [
|
||||
"avogadro"
|
||||
],
|
||||
"evaluator": {
|
||||
"postconfig": [
|
||||
{
|
||||
"type": "sleep",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"seconds": 3
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
],
|
||||
"func": "vllm_eval"
|
||||
},
|
||||
"proxy": false,
|
||||
"fixed_ip": false,
|
||||
"possibility_of_env_change": "low",
|
||||
"metadata": {
|
||||
"input_files": [],
|
||||
"steps": "1. 点击 Build → Insert → Molecule。\n2. 搜索 'benzene' 并确定插入该分子。\n3. 确保苯环显示在工作界面中。"
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
@@ -0,0 +1,44 @@
|
||||
{
|
||||
"id": "building-organic-molecules_task3",
|
||||
"snapshot": "avogadro",
|
||||
"instruction": "在 Avogadro 2 中，在甲苯分子的对位添加一硝基（-NO2），生成 4-硝基甲苯。",
|
||||
"source": "custom",
|
||||
"config": [
|
||||
{
|
||||
"type": "launch",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"command": [
|
||||
"C:\\Avogadro2\\bin\\avogadro2.exe"
|
||||
]
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": "sleep",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"seconds": 5
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
],
|
||||
"trajectory": "trajectories/",
|
||||
"related_apps": [
|
||||
"avogadro"
|
||||
],
|
||||
"evaluator": {
|
||||
"postconfig": [
|
||||
{
|
||||
"type": "sleep",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"seconds": 3
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
],
|
||||
"func": "vllm_eval"
|
||||
},
|
||||
"proxy": false,
|
||||
"fixed_ip": false,
|
||||
"possibility_of_env_change": "low",
|
||||
"metadata": {
|
||||
"input_files": [],
|
||||
"steps": "1. 按 'N' 键选择硝基。\n2. 点击甲基对位（苯环上的一个氢原子），将其替换为 -NO2。\n3. 确保分子结构正确。"
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
@@ -0,0 +1,44 @@
|
||||
{
|
||||
"id": "building-organic-molecules_task4",
|
||||
"snapshot": "avogadro",
|
||||
"instruction": "在 Avogadro 2 中，为甲苯分子执行几何优化。",
|
||||
"source": "custom",
|
||||
"config": [
|
||||
{
|
||||
"type": "launch",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"command": [
|
||||
"C:\\Avogadro2\\bin\\avogadro2.exe"
|
||||
]
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": "sleep",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"seconds": 5
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
],
|
||||
"trajectory": "trajectories/",
|
||||
"related_apps": [
|
||||
"avogadro"
|
||||
],
|
||||
"evaluator": {
|
||||
"postconfig": [
|
||||
{
|
||||
"type": "sleep",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"seconds": 3
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
],
|
||||
"func": "vllm_eval"
|
||||
},
|
||||
"proxy": false,
|
||||
"fixed_ip": false,
|
||||
"possibility_of_env_change": "low",
|
||||
"metadata": {
|
||||
"input_files": [],
|
||||
"steps": "1. 按 Ctrl+Alt+O 或点击 Auto Optimize 工具执行几何优化。\n2. 检查分子是否获得合乎逻辑的几何结构。"
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
@@ -0,0 +1,44 @@
|
||||
{
|
||||
"id": "building-organic-molecules_task5",
|
||||
"snapshot": "avogadro",
|
||||
"instruction": "在 Avogadro 2 中，使用 Draw Tool 创建一个单碳结构，然后添加一个羧基（-COOH）。",
|
||||
"source": "custom",
|
||||
"config": [
|
||||
{
|
||||
"type": "launch",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"command": [
|
||||
"C:\\Avogadro2\\bin\\avogadro2.exe"
|
||||
]
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": "sleep",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"seconds": 5
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
],
|
||||
"trajectory": "trajectories/",
|
||||
"related_apps": [
|
||||
"avogadro"
|
||||
],
|
||||
"evaluator": {
|
||||
"postconfig": [
|
||||
{
|
||||
"type": "sleep",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"seconds": 3
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
],
|
||||
"func": "vllm_eval"
|
||||
},
|
||||
"proxy": false,
|
||||
"fixed_ip": false,
|
||||
"possibility_of_env_change": "low",
|
||||
"metadata": {
|
||||
"input_files": [],
|
||||
"steps": "1. 使用 Draw Tool 在界面中绘制一个单碳。\n2. 激活 Template Tool，通过按 Ctrl+3 或点击工具栏上的图标进入 Groups。\n3. 按 'C' 或 'co' 选择羧基。\n4. 点击单碳结构上的一个氢原子，将其替换为羧基。"
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
@@ -0,0 +1,44 @@
|
||||
{
|
||||
"id": "building-organic-molecules_task9",
|
||||
"snapshot": "avogadro",
|
||||
"instruction": "在 Avogadro 2 中，创建一个 4-甲氧基-3-硝基苯甲酸分子，包含苯环、羧基、硝基和甲氧基。",
|
||||
"source": "custom",
|
||||
"config": [
|
||||
{
|
||||
"type": "launch",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"command": [
|
||||
"C:\\Avogadro2\\bin\\avogadro2.exe"
|
||||
]
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": "sleep",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"seconds": 5
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
],
|
||||
"trajectory": "trajectories/",
|
||||
"related_apps": [
|
||||
"avogadro"
|
||||
],
|
||||
"evaluator": {
|
||||
"postconfig": [
|
||||
{
|
||||
"type": "sleep",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"seconds": 3
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
],
|
||||
"func": "vllm_eval"
|
||||
},
|
||||
"proxy": false,
|
||||
"fixed_ip": false,
|
||||
"possibility_of_env_change": "low",
|
||||
"metadata": {
|
||||
"input_files": [],
|
||||
"steps": "1. 插入苯环。\n2. 按 'C' 键选择羧基，并添加到苯环的第 1 个位置。\n3. 按 'N' 键选择硝基，并添加到苯环的第 3 个位置。\n4. 按 'om' 键选择甲氧基，并添加到苯环的第 4 个位置。\n5. 使用优化工具进行几何优化并检查分子是否正确。"
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
@@ -0,0 +1,44 @@
|
||||
{
|
||||
"id": "naming-a-molecule_task1",
|
||||
"snapshot": "avogadro",
|
||||
"instruction": "在 Avogadro 中通过 Analysis → Properties → Molecular... 查看当前分子的 IUPAC 名称及相关性质。",
|
||||
"source": "custom",
|
||||
"config": [
|
||||
{
|
||||
"type": "launch",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"command": [
|
||||
"C:\\Avogadro2\\bin\\avogadro2.exe"
|
||||
]
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": "sleep",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"seconds": 5
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
],
|
||||
"trajectory": "trajectories/",
|
||||
"related_apps": [
|
||||
"avogadro"
|
||||
],
|
||||
"evaluator": {
|
||||
"postconfig": [
|
||||
{
|
||||
"type": "sleep",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"seconds": 3
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
],
|
||||
"func": "vllm_eval"
|
||||
},
|
||||
"proxy": false,
|
||||
"fixed_ip": false,
|
||||
"possibility_of_env_change": "low",
|
||||
"metadata": {
|
||||
"input_files": [],
|
||||
"steps": "1. 打开 Avogadro 软件。\n2. 点击菜单栏中的 Analysis。\n3. 从下拉菜单选择 Properties。\n4. 点击 Molecular...。\n5. 在弹出的 'Molecular Properties' 窗口中查看分子的名字和相关信息，例如分子质量、化学式、原子数和键数。"
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
@@ -0,0 +1,44 @@
|
||||
{
|
||||
"id": "viewing-electrostatic-potential_task1",
|
||||
"snapshot": "avogadro",
|
||||
"instruction": "在 Avogadro 中通过 Analyze → Create Surfaces 菜单创建 Van der Waals 表面并设置电荷分布可视化。",
|
||||
"source": "custom",
|
||||
"config": [
|
||||
{
|
||||
"type": "launch",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"command": [
|
||||
"C:\\Avogadro2\\bin\\avogadro2.exe"
|
||||
]
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": "sleep",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"seconds": 5
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
],
|
||||
"trajectory": "trajectories/",
|
||||
"related_apps": [
|
||||
"avogadro"
|
||||
],
|
||||
"evaluator": {
|
||||
"postconfig": [
|
||||
{
|
||||
"type": "sleep",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"seconds": 3
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
],
|
||||
"func": "vllm_eval"
|
||||
},
|
||||
"proxy": false,
|
||||
"fixed_ip": false,
|
||||
"possibility_of_env_change": "low",
|
||||
"metadata": {
|
||||
"input_files": [],
|
||||
"steps": "1. 打开 Avogadro 软件并加载目标分子的模型。\n2. 通过菜单栏选择 Analyze → Create Surfaces。\n3. 在弹出的 Create Surfaces 对话框中，将 Surface 设置为 'Van der Waals'。\n4. 将 Color By 设置为 'Electrostatic Potential'。\n5. 选择一个电荷模型（例如 'EEM'）。\n6. 选择色阶为 'Balance'。\n7. 点击 'Calculate' 按钮开始计算表面。\n8. 等待软件完成计算，点击 'Close' 关闭对话框。"
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
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