data: 新增 jade/avogadro/ovito/pymol 评测任务数据

evaluation_examples/examples/pymol/Mutagenesis_task1.json

@@ -0,0 +1,47 @@
+{
+  "id": "Mutagenesis_task1",
+  "snapshot": "pymol",
+  "instruction": "在 PyMOL 中，打开 sample.pdb 文件，使用 Mutagenesis 向导将指定的残基突变为目标残基，并应用所需的旋转异构体构象。",
+  "source": "custom",
+  "config": [
+    {
+      "type": "launch",
+      "parameters": {
+        "command": [
+          "C:\\PYMOL\\PyMOLWin.exe"
+        ]
+      }
+    },
+    {
+      "type": "sleep",
+      "parameters": {
+        "seconds": 5
+      }
+    }
+  ],
+  "trajectory": "trajectories/",
+  "related_apps": [
+    "pymol"
+  ],
+  "evaluator": {
+    "postconfig": [
+      {
+        "type": "sleep",
+        "parameters": {
+          "seconds": 3
+        }
+      }
+    ],
+    "func": "vllm_eval"
+  },
+  "proxy": false,
+  "fixed_ip": false,
+  "possibility_of_env_change": "low",
+  "metadata": {
+    "input_files": [
+      "sample.pdb"
+    ],
+    "steps": "1. 单击顶部菜单栏的 \"File\" 菜单\n2. 在展开的下拉菜单中，单击 \"Open...\" 选项\n3. 在弹出的文件选择对话框中，单击选中 \"sample.pdb\" 文件\n4. 单击文件选择对话框右下角的 \"Open\" 按钮以加载该文件\n5. 单击顶部菜单栏的 \"Wizard\" 菜单\n6. 在展开的下拉菜单中，单击 \"Mutagenesis\" 选项\n7. 在中心的 3D 视图窗口中，单击鼠标左键选中一个需要突变的残基\n8. 在界面右侧出现的向导控制面板中，单击标有 \"No Mutation\" 的按钮\n9. 在弹出的残基类型列表中，单击选中想要突变生成的目标残基类型\n10. 在界面右下角的帧控制区域，单击向左或向右的播放箭头按钮以切换并预览不同的旋转异构体（rotamer）\n11. 在界面右侧的向导控制面板中，单击 \"Apply\" 按钮以应用选中的突变构象\n12. 在界面右侧的向导控制面板中，单击 \"Done\" 按钮以退出突变向导",
+    "steps_original": "1. 通过 File → Open 打开本地的 sample.pdb 文件\n2. 点击顶部菜单栏的 Wizard → Mutagenesis 启动突变向导\n3. 在 3D 视图窗口中，鼠标点击选中一个需要突变的残基\n4. 在右侧的向导控制面板中，点击显示为 \"No Mutation\" 的按钮，并从弹出的列表中选择想要突变生成的新残基类型\n5. 使用界面右下角的帧控制按钮（back-and-forth movie controls）前后切换，预览并选择一个合适的旋转异构体（rotamer）\n6. 在右侧向导控制面板中点击 Apply 应用该突变\n7. 点击面板上的 Done 退出突变向导"
+  }
+}

evaluation_examples/examples/pymol/Visualizing_a_computed_structure_-_a_commented_example_task1.json

@@ -0,0 +1,47 @@
+{
+  "id": "Visualizing_a_computed_structure_-_a_commented_example_task1",
+  "snapshot": "pymol",
+  "instruction": "在 PyMOL 中，通过菜单打开 theFile.xyz 文件，然后将其另存为 PDB 格式的文件。",
+  "source": "custom",
+  "config": [
+    {
+      "type": "launch",
+      "parameters": {
+        "command": [
+          "C:\\PYMOL\\PyMOLWin.exe"
+        ]
+      }
+    },
+    {
+      "type": "sleep",
+      "parameters": {
+        "seconds": 5
+      }
+    }
+  ],
+  "trajectory": "trajectories/",
+  "related_apps": [
+    "pymol"
+  ],
+  "evaluator": {
+    "postconfig": [
+      {
+        "type": "sleep",
+        "parameters": {
+          "seconds": 3
+        }
+      }
+    ],
+    "func": "vllm_eval"
+  },
+  "proxy": false,
+  "fixed_ip": false,
+  "possibility_of_env_change": "low",
+  "metadata": {
+    "input_files": [
+      "theFile.xyz"
+    ],
+    "steps": "1. 双击桌面或开始菜单中的 PyMOL 应用程序图标以启动软件\n2. 单击 PyMOL 主窗口顶部菜单栏中的 \"File\" 菜单\n3. 在展开的下拉菜单中，单击选择 \"Open...\" 菜单项\n4. 在弹出的文件浏览对话框中，在文件列表区域找到并单击选中 \"theFile.xyz\" 文件\n5. 单击对话框右下角的 \"打开\" (或 \"Open\") 按钮以加载该文件\n6. 待文件加载完毕后，再次单击顶部菜单栏中的 \"File\" 菜单\n7. 在展开的下拉菜单中，单击选择 \"Export Molecule...\" 菜单项\n8. 在弹出的 \"Export Molecule\" 选项对话框中，无需修改参数，直接单击对话框右下方的 \"Save...\" 按钮\n9. 在弹出的文件保存对话框中，单击 \"保存类型\" (或 \"Save as type\") 对应的下拉菜单\n10. 在展开的格式列表中，单击选中包含 PDB 格式的选项（例如 \"Protein Data Bank (*.pdb)\"）\n11. 单击 \"文件名\" (或 \"File name\") 输入框将光标定位至此处\n12. 在输入框中输入你想要保存的文件名（例如 \"theFile\"）\n13. 单击对话框右下角的 \"保存\" (或 \"Save\") 按钮完成文件格式转换与保存",
+    "steps_original": "1. 启动 PyMOL 软件\n2. 点击顶部菜单栏的 File -> Open...\n3. 在文件浏览对话框中选择并打开 theFile.xyz 文件\n4. 点击顶部菜单栏的 File -> Export Molecule... (或 Save Molecule...)\n5. 在弹出的选项框中保持默认，点击 Save...\n6. 在文件保存对话框中，将文件类型选择为 PDB 格式，输入文件名并点击保存"
+  }
+}

evaluation_examples/examples/pymol/Visualizing_a_computed_structure_-_a_commented_example_task2.json

@@ -0,0 +1,47 @@
+{
+  "id": "Visualizing_a_computed_structure_-_a_commented_example_task2",
+  "snapshot": "pymol",
+  "instruction": "在 PyMOL 的命令行中，使用 '@' 命令运行名为 script.pml 的外部脚本文件以更新分子可视化。",
+  "source": "custom",
+  "config": [
+    {
+      "type": "launch",
+      "parameters": {
+        "command": [
+          "C:\\PYMOL\\PyMOLWin.exe"
+        ]
+      }
+    },
+    {
+      "type": "sleep",
+      "parameters": {
+        "seconds": 5
+      }
+    }
+  ],
+  "trajectory": "trajectories/",
+  "related_apps": [
+    "pymol"
+  ],
+  "evaluator": {
+    "postconfig": [
+      {
+        "type": "sleep",
+        "parameters": {
+          "seconds": 3
+        }
+      }
+    ],
+    "func": "vllm_eval"
+  },
+  "proxy": false,
+  "fixed_ip": false,
+  "possibility_of_env_change": "low",
+  "metadata": {
+    "input_files": [
+      "script.pml"
+    ],
+    "steps": "1. 在 PyMOL 主界面的命令输入框（通常位于界面上方或下方，带有 \"PyMOL>\" 提示符）上单击鼠标左键，将光标聚焦于此输入框\n2. 在命令输入框中，输入文本：@PATH_Of_The_Script/script.pml（实际操作时需将 PATH_Of_The_Script 替换为脚本所在目录的真实路径）\n3. 按下键盘上的 \"Enter\" (回车) 键以执行该命令\n4. 观察 PyMOL 主视图窗口，确认分子结构已根据脚本指令重新渲染（如教程图片所示）",
+    "steps_original": "1. 启动 PyMOL 软件\n2. 找到 PyMOL 主窗口上方的命令输入行 (通常以 PyMOL> 开头)\n3. 在命令行中输入 '@script.pml'（或加上该脚本的具体路径，如 '@PATH_Of_The_Script/script.pml'）\n4. 按下回车键执行该脚本\n5. 观察主视图窗口，确认分子结构已根据脚本指令重新渲染"
+  }
+}

evaluation_examples/examples/pymol/Visualizing_a_computed_structure_-_a_commented_example_task3.json

@@ -0,0 +1,45 @@
+{
+  "id": "Visualizing_a_computed_structure_-_a_commented_example_task3",
+  "snapshot": "pymol",
+  "instruction": "在 PyMOL 的命令行中，使用 png 命令将当前的分子三维渲染图保存为名为 'filename.png' 的图像文件。",
+  "source": "custom",
+  "config": [
+    {
+      "type": "launch",
+      "parameters": {
+        "command": [
+          "C:\\PYMOL\\PyMOLWin.exe"
+        ]
+      }
+    },
+    {
+      "type": "sleep",
+      "parameters": {
+        "seconds": 5
+      }
+    }
+  ],
+  "trajectory": "trajectories/",
+  "related_apps": [
+    "pymol"
+  ],
+  "evaluator": {
+    "postconfig": [
+      {
+        "type": "sleep",
+        "parameters": {
+          "seconds": 3
+        }
+      }
+    ],
+    "func": "vllm_eval"
+  },
+  "proxy": false,
+  "fixed_ip": false,
+  "possibility_of_env_change": "low",
+  "metadata": {
+    "input_files": [],
+    "steps": "1. 在 PyMOL 主界面中，找到用于输入命令的文本输入框。\n2. 单击该文本输入框，使其获得光标焦点。\n3. 在文本输入框中，输入文本：png filename.png\n4. 按下键盘上的 Enter (回车) 键以执行该命令。",
+    "steps_original": "1. 确保 PyMOL 三维视图窗口中已经显示了渲染好的分子结构\n2. 找到 PyMOL 主窗口上方的命令输入行\n3. 在命令行中输入命令：'png filename.png'\n4. 按下回车键执行\n5. 检查工作目录，确认名为 filename.png 的图像文件已成功生成"
+  }
+}