{ "id": "building-metal-complexes_task1", "snapshot": "avogadro", "instruction": "在 Avogadro 2 中,使用 Template Tool 创建 [Co(NH3)6]3+ 配位化合物,设置为八面体配位几何。", "source": "custom", "config": [ { "type": "launch", "parameters": { "command": [ "C:\\Avogadro2\\bin\\avogadro2.exe" ] } }, { "type": "sleep", "parameters": { "seconds": 5 } } ], "trajectory": "trajectories/", "related_apps": [ "avogadro" ], "evaluator": { "postconfig": [ { "type": "sleep", "parameters": { "seconds": 3 } } ], "func": "vllm_eval" }, "proxy": false, "fixed_ip": false, "possibility_of_env_change": "low", "metadata": { "input_files": [], "steps": "1. 按下键盘快捷键 Ctrl+3(或在顶部工具栏中单击 Template Tool 图标),激活模板工具。\n2. 在左侧(或右侧)的模板工具控制面板中,单击选中 Centers 选项卡。\n3. 在键盘上依次输入字母 C 和 o,以选择 Cobalt (钴) 元素作为金属中心。\n4. 在形式电荷输入框旁,连续单击三次向上箭头(∧)按钮,将中心离子的形式电荷设置为 +3。\n5. 单击坐标下拉框,选择 6: Octahedral(八面体)选项,设定配位几何形状为八面体。\n6. 将鼠标移动到主界面的 3D 视图空白区域,单击鼠标左键,放置带有六个配位氢原子的钴中心结构。\n7. 在模板工具控制面板中,单击选中 Ligands 选项卡。\n8. 单击 Ligand 下拉框,从列表中选择 ammine (NH3) 配体。\n9. 在 3D 视图中,将鼠标悬停并单击钴原子上的第 1 个氢原子,将其替换为氨配体。\n10. 若有氢原子被遮挡,按下 Ctrl+1 切换至导航视角,拖动鼠标旋转分子,使目标氢原子可见,再切换回 Ctrl+3 模板工具后单击钴原子上的第 2 个氢原子,将其替换为氨配体。\n11. 重复上述操作(必要时按 Ctrl+1 旋转视角后切回 Ctrl+3),单击钴原子上的第 3 个氢原子,将其替换为氨配体。\n12. 重复上述操作(必要时按 Ctrl+1 旋转视角后切回 Ctrl+3),单击钴原子上的第 4 个氢原子,将其替换为氨配体。\n13. 重复上述操作(必要时按 Ctrl+1 旋转视角后切回 Ctrl+3),单击钴原子上的第 5 个氢原子,将其替换为氨配体。\n14. 重复上述操作(必要时按 Ctrl+1 旋转视角后切回 Ctrl+3),单击钴原子上的第 6 个氢原子,将其替换为氨配体,完成 [Co(NH3)6]3+ 化合物的构建。", "steps_original": "1. 打开 Template Tool(快捷键 Ctrl+3 或点击工具栏图标)。\n2. 切换到 Centers 选项卡。\n3. 输入 'Co' 或从弹出菜单中选择钴元素。\n4. 点击三次 '+' 符号,将正电荷设置为 +3。\n5. 按键 '6' 或选择八面体几何形状。\n6. 点击空白区域,放置钴中心,六个氢原子会显示在配位位置。" } }