{ "id": "building-metal-complexes_task3", "snapshot": "avogadro", "instruction": "在 Avogadro 2 中,使用 Template Tool 创建 [Ni(en)(NH3)2]2+ 配位化合物,设置为平面四方配位几何。", "source": "custom", "config": [ { "type": "launch", "parameters": { "command": [ "C:\\Avogadro2\\bin\\avogadro2.exe" ] } }, { "type": "sleep", "parameters": { "seconds": 5 } } ], "trajectory": "trajectories/", "related_apps": [ "avogadro" ], "evaluator": { "postconfig": [ { "type": "sleep", "parameters": { "seconds": 3 } } ], "func": "vllm_eval" }, "proxy": false, "fixed_ip": false, "possibility_of_env_change": "low", "metadata": { "input_files": [], "steps": "1. 在顶部工具栏中,单击 'Template Tool' 图标按钮(或在键盘上按 Ctrl+3 快捷键)以激活模板工具面板。\n2. 在弹出的模板工具面板中,单击顶部名为 'Centers' 的选项卡。\n3. 在键盘上依次输入字母键 'N' 和 'i',或单击元素下拉菜单并选择 'Nickel',以选中镍元素。\n4. 在形式电荷(形式电荷)数值框旁,连续单击向上箭头('^')按钮两次,将中心离子的形式电荷从 0 调整为 '+2'。\n5. 单击坐标(坐标)下拉菜单将其展开,在弹出的选项列表中选择 '4: Square Planar',以设置平面四方配位几何构型。\n6. 将鼠标移动到 3D 模型视图的空白区域,单击鼠标左键以放置带有四个占位氢原子的镍中心。\n7. 在模板工具面板中,单击顶部名为 'Ligands' 的选项卡切换到配体模式。\n8. 在键盘上依次输入字母键 'e' 和 'n',以在配体库中选中 'ethylenediamine' (乙二胺) 配体。\n9. 在 3D 视图中,单击选中中心镍原子周围的任意一个氢原子。\n10. 在 3D 视图中,单击与上一步选中的氢原子相邻(顺式位置)的另一个氢原子,完成双齿配体的桥接结合。\n11. 在模板工具面板中,单击 '类型(Type)' 下拉菜单,将配体类型从 'Bidentate'(双齿)切换为 'Monodentate'(单齿),然后单击 'Ligand' 下拉菜单并选择 'ammine'(氨)配体。\n12. 在 3D 视图中,单击剩余的第三个占位氢原子将其替换为氨配体。\n13. 在 3D 视图中,单击最后一个剩余的氢原子,将其替换为第二个氨配体,完成目标化合物构建。", "steps_original": "1. 打开 Template Tool。\n2. 切换到 Centers 选项卡。\n3. 输入 'Ni' 或从弹出菜单中选择镍元素。\n4. 连续单击形式电荷数值框旁的向上箭头('^')按钮两次,将正电荷设置为 +2。\n5. 单击坐标下拉菜单将其展开,在列表中选择 '4: Square Planar' 平面四方几何形状。\n6. 点击空白区域,放置镍中心,四个氢原子会显示在配位位置。" } }