data: 修订 Avogadro 任务数据并同步 test_final
- 删除无法稳定复现的 building-organic-molecules_task4 和 using-qtaim-and-wfn_task2 - naming-a-molecule_task1 / viewing-electrostatic-potential_task1 新增 upload_file 步骤，补全 input_files 并修正菜单路径 - building-metal-complexes_task7 修正 steps 重复步骤编号 - test_final.json 移除已删任务，新增 jade9 section
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@@ -39,6 +39,6 @@
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"possibility_of_env_change": "low",
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"metadata": {
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"input_files": [],
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"steps": "1. 在键盘上按下快捷键 Ctrl+3，或在在工具栏中单击 'Template Tool'（模板）图标按钮以激活模板工具。\n2. 在左侧界面的模板设置面板中，单击选中 '居中' 选项卡。\n3. 单击 '元素' 右侧的下拉菜单，在展开的列表中单击 '其他'，在弹出的元素周期表中找到并单击选择锆元素 'Zr'。\n4. 在 '形式电荷' 右侧，单击向上箭头 4 次，将形式电荷设置为 +4。\n5. 单击 '坐标' 右侧的下拉菜单，选择 '4: Tetrahedral' 四面体配位几何构型。\n6. 将鼠标指针移动到中间主绘图视口的空白区域，单击鼠标左键，放置一个带有四个氢原子的锆中心骨架。\n7. 在左侧界面的模板设置面板中，单击选中 'Ligands' 选项卡。\n8. 单击 '类型' 下拉菜单，选择 'Haptic'。\n9. 在 'Ligand' 对话框列表中，单击选中 '其他'，然后在弹出界面中选择eta5-Cp-cyclopentyl.cjson，最后点击插入·。\n9. 将鼠标指针移动到主绘图视口中锆中心上的任意一个氢原子球体上，单击鼠标右左键，将其替换为第一个 Cp 配体环。\n10. 将鼠标指针移动到相邻的另一个氢原子球体上，单击鼠标左键，将其替换为第二个 Cp 配体环。\n11. 在工具栏中单击 'Draw Tool'（绘制）图标按钮切换到绘制工具。\n12. 在左侧 Draw Tool 设置面板中，单击 '元素' 右侧的下拉菜单，选择 'Chlorine (17)' 氯元素。\n13. 将鼠标指针移动到主绘图视口中剩余的第一个氢原子球体上，单击鼠标左键，将其替换为氯配体。\n14. 将鼠标指针移动到最后一个氢原子球体上，单击鼠标左键，将其替换为第二个氯配体。",
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"steps": "1. 在键盘上按下快捷键 Ctrl+3，或在在工具栏中单击 'Template Tool'（模板）图标按钮以激活模板工具。\n2. 在左侧界面的模板设置面板中，单击选中 '居中' 选项卡。\n3. 单击 '元素' 右侧的下拉菜单，在展开的列表中单击 '其他'，在弹出的元素周期表中找到并单击选择锆元素 'Zr'。\n4. 在 '形式电荷' 右侧，单击向上箭头 4 次，将形式电荷设置为 +4。\n5. 单击 '坐标' 右侧的下拉菜单，选择 '4: Tetrahedral' 四面体配位几何构型。\n6. 将鼠标指针移动到中间主绘图视口的空白区域，单击鼠标左键，放置一个带有四个氢原子的锆中心骨架。\n7. 在左侧界面的模板设置面板中，单击选中 'Ligands' 选项卡。\n8. 单击 '类型' 下拉菜单，选择 'Haptic'。\n9. 在 'Ligand' 对话框列表中，单击选中 '其他'，然后在弹出界面中选择eta5-Cp-cyclopentyl.cjson，最后点击插入。\n10. 将鼠标指针移动到主绘图视口中锆中心上的任意一个氢原子球体上，单击鼠标左键，将其替换为第一个 Cp 配体环。\n11. 将鼠标指针移动到相邻的另一个氢原子球体上，单击鼠标左键，将其替换为第二个 Cp 配体环。\n12. 在工具栏中单击 'Draw Tool'（绘制）图标按钮切换到绘制工具。\n13. 在左侧 Draw Tool 设置面板中，单击 '元素' 右侧的下拉菜单，选择 'Chlorine (17)' 氯元素。\n14. 将鼠标指针移动到主绘图视口中剩余的第一个氢原子球体上，单击鼠标左键，将其替换为氯配体。\n15. 将鼠标指针移动到最后一个氢原子球体上，单击鼠标左键，将其替换为第二个氯配体。",
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"steps_original": "1. 按下 Ctrl+3 或点击工具栏中的模板工具图标激活模板工具。\n2. 在左侧面板中点击 '居中' 选项卡，展开元素下拉菜单选择 '其他'，在元素周期表中选择锆元素 Zr。\n3. 点击形式电荷右侧向上箭头 4 次，将电荷设置为 +4。\n4. 在坐标下拉菜单中选择 4: Tetrahedral 四面体构型。\n5. 在视口空白区域单击放置带有四个氢原子的锆中心骨架。\n6. 点击 'Ligands' 选项卡，在类型下拉菜单中选择 Haptic。\n7. 在 Ligand 列表中选择 '其他'，在弹出界面中选择 eta5-Cp-cyclopentyl.cjson 并点击插入。\n8. 点击锆中心的一个氢原子替换为第一个 Cp 配体，再点击相邻氢原子替换为第二个 Cp 配体。\n9. 切换到 Draw Tool 绘制工具，在元素下拉菜单中选择 Chlorine (17)。\n10. 点击剩余两个氢原子，分别替换为两个氯配体。" }
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}
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@@ -1,45 +0,0 @@
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{
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"id": "building-organic-molecules_task4",
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"snapshot": "avogadro",
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"instruction": "在 Avogadro 2 中，为甲苯分子执行几何优化。",
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"source": "custom",
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"config": [
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{
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"type": "launch",
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"parameters": {
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"command": [
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"C:\\Avogadro2\\bin\\avogadro2.exe"
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]
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}
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},
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{
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"type": "sleep",
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"parameters": {
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"seconds": 5
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}
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||||
}
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],
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"trajectory": "trajectories/",
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"related_apps": [
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"avogadro"
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],
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"evaluator": {
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"postconfig": [
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{
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"type": "sleep",
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"parameters": {
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"seconds": 3
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}
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}
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],
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"func": "vllm_eval"
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},
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"proxy": false,
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"fixed_ip": false,
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"possibility_of_env_change": "low",
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"metadata": {
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"input_files": [],
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"steps": "1. 在当前激活的 Avogadro 2 主窗口中，按下键盘上的 Ctrl+Alt+O 组合键触发几何优化。\n2. 在主界面的 3D 渲染视图中，观察甲苯分子的空间结构变化。\n3. 等待分子的原子位置停止移动，确认其几何构型已优化至合理的化学结构。",
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"steps_original": "1. 按 Ctrl+Alt+O 或点击 Auto Optimize 工具执行几何优化。\n2. 检查分子是否获得合乎逻辑的几何结构。"
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}
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}
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@@ -4,11 +4,23 @@
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"instruction": "在 Avogadro 中通过 Analysis → Properties → Molecular... 查看当前分子的 IUPAC 名称及相关性质。",
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"source": "custom",
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"config": [
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{
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"type": "upload_file",
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"parameters": {
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"files": [
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{
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"local_path": "evaluation_examples/data/avogadro/ethanol.sdf",
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"path": "C:\\Users\\user\\Desktop\\ethanol.sdf"
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}
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]
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}
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},
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{
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"type": "launch",
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"parameters": {
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"command": [
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||||
"C:\\Avogadro2\\bin\\avogadro2.exe"
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"C:\\Avogadro2\\bin\\avogadro2.exe",
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"C:\\Users\\user\\Desktop\\ethanol.sdf"
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]
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}
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||||
},
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@@ -38,7 +50,7 @@
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"fixed_ip": false,
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"possibility_of_env_change": "low",
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"metadata": {
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"input_files": [],
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"steps": "1. 打开 Avogadro 软件，确保已有分子载入。\n2. 在软件顶部菜单栏中，单击 'Analyze' 菜单。\n3. 在弹出的下拉菜单中，将鼠标悬停在 '属性(P)' 菜单项上以展开子菜单。\n4. 在弹出的子菜单中，单击 '分子的(M)...' 菜单项。\n5. 等待 '分子属性' 对话框窗口弹出。\n6. 在对话框中查看 'Molecule Name' 右侧显示的 IUPAC 名称。\n7. 继续查看 'Molecular Mass (g/mol)'、'Monoisotopic Mass (g/mol)'、'Chemical Formula'、'Number of Atoms'、'Number of Bonds'、'Net Charge' 和 'Net Spin Multiplicity' 等属性数值。\n8. 查看完毕后单击窗口右上角的关闭按钮关闭对话框。",
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"input_files": ["ethanol.sdf"],
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||||
"steps": "1. 打开 Avogadro 软件，确保已有分子载入。\n2. 在软件顶部菜单栏中，单击 'Analysis' 菜单。\n3. 在弹出的下拉菜单中，将鼠标悬停在 'Properties' 菜单项上以展开子菜单。\n4. 在弹出的子菜单中，单击 'Molecular...' 菜单项。\n5. 等待分子属性对话框窗口弹出。\n6. 在对话框中查看 'Molecule Name' 右侧显示的 IUPAC 名称及相关性质。",
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||||
"steps_original": "1. 打开 Avogadro 软件，确保已有分子载入。\n2. 单击菜单栏中的 'Analyze'。\n3. 将鼠标悬停在 '属性(P)' 上展开子菜单。\n4. 单击 '分子的(M)...'。\n5. 在弹出的 '分子属性' 窗口中查看分子的 IUPAC 名称、分子质量、单同位素质量、化学式、原子数、键数、净电荷和净自旋多重度等相关信息。" }
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}
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@@ -1,45 +0,0 @@
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{
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"id": "using-qtaim-and-wfn_task2",
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"snapshot": "avogadro",
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"instruction": "在 Avogadro 中，通过调整 Display Types 面板开启 QTAIM 视图并关闭球棍模型，以便突出显示键临界点。",
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"source": "custom",
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"config": [
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{
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"type": "launch",
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"parameters": {
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"command": [
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"C:\\Avogadro2\\bin\\avogadro2.exe"
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]
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}
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||||
},
|
||||
{
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||||
"type": "sleep",
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||||
"parameters": {
|
||||
"seconds": 5
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
],
|
||||
"trajectory": "trajectories/",
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||||
"related_apps": [
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"avogadro"
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||||
],
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||||
"evaluator": {
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"postconfig": [
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{
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||||
"type": "sleep",
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"parameters": {
|
||||
"seconds": 3
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||||
}
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||||
}
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||||
],
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||||
"func": "vllm_eval"
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},
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"proxy": false,
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"fixed_ip": false,
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"possibility_of_env_change": "low",
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"metadata": {
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"input_files": [],
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"steps": "1. 在软件主界面左侧，找到标有 '显示类型' 的面板区域。\n2. 在 '显示类型' 面板的选项列表中，找到 'QTAIM（分子中原子的量子论）' 选项。\n3. 单击 'QTAIM（分子中原子的量子论）' 左侧的复选框，确保其处于勾选状态。\n4. 在同一面板中，找到 '球棍模型' 选项。\n5. 单击 '球棍模型' 左侧的复选框，将其取消勾选。",
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||||
"steps_original": "1. 在软件主界面左侧找到 '显示类型' 面板。\n2. 在列表中找到 'QTAIM（分子中原子的量子论）' 选项，勾选其左侧的复选框。\n3. 在同一列表中找到 '球棍模型' 选项，取消勾选其复选框以隐藏球棍模型。"
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}
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}
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@@ -1,14 +1,26 @@
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{
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"id": "viewing-electrostatic-potential_task1",
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"snapshot": "avogadro",
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"instruction": "在 Avogadro 中通过 Analyze → 创建表面...菜单创建 Van der Waals 表面并设置电荷分布可视化。",
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"instruction": "在 Avogadro 中通过 Analyze → 创建表面...菜单创建 Van der Waals 表面并设置电荷分布可视化，计算完成后关闭对话框。",
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"source": "custom",
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"config": [
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||||
{
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||||
"type": "upload_file",
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||||
"parameters": {
|
||||
"files": [
|
||||
{
|
||||
"local_path": "evaluation_examples/data/avogadro/ethanol.sdf",
|
||||
"path": "C:\\Users\\user\\Desktop\\ethanol.sdf"
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": "launch",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"command": [
|
||||
"C:\\Avogadro2\\bin\\avogadro2.exe"
|
||||
"C:\\Avogadro2\\bin\\avogadro2.exe",
|
||||
"C:\\Users\\user\\Desktop\\ethanol.sdf"
|
||||
]
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
@@ -38,8 +50,7 @@
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||||
"fixed_ip": false,
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||||
"possibility_of_env_change": "low",
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"metadata": {
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"input_files": [],
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"steps": "1. 单击菜单栏中的 'Analyze' 菜单。\n2. 在下拉菜单中单击 '创建表面...' 选项。\n3. 在弹出的 '创建表面' 对话框中，确认 '表面' 下拉菜单已选择 'Van der Waals'。\n4. 单击 '着色按' 右侧的第一个下拉菜单，在展开列表中单击选中 '静电势'。\n5. 确认 '着色按' 右侧第二个下拉菜单的选项（如有 EEM 则选择 EEM）。\n6. 单击 'Colormap' 右侧下拉菜单，选择合适的色阶选项。\n7. 单击对话框左下角的 '计算' 按钮开始计算。\n8. 等待计算完成后，单击右下角 '关闭' 按钮关闭对话框。",
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"input_files": ["ethanol.sdf"],
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||||
"steps_original": "1. 单击菜单栏 'Analyze' → '创建表面...'。\n2. 在弹出的对话框中确认表面设置为 'Van der Waals'。\n3. 将 '着色按' 设置为 '静电势'。\n4. 根据可用选项设置色阶。\n5. 单击 '计算' 按钮开始计算，完成后单击 '关闭'。"
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}
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||||
}
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||||
}
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@@ -5,13 +5,10 @@
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"jade-guide-example_task1",
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"jade-guide-example_task4",
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||||
"jade-guide-example_task6",
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||||
"jade-guide-example_task7",
|
||||
"jade-guide-example_task8",
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||||
"jade-guide-example_task9",
|
||||
"jade-guide-example_task10",
|
||||
"jade-guide-example_task11",
|
||||
"jade-guide-example_task12"
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],
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||||
"jade9":["test_task1"],
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"vesta": [
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"VESTA_Manual_task2",
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"VESTA_Manual_task3",
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@@ -40,11 +37,9 @@
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||||
"building-metal-complexes_task7",
|
||||
"building-organic-molecules_task1",
|
||||
"building-organic-molecules_task3",
|
||||
"building-organic-molecules_task4",
|
||||
"building-organic-molecules_task5",
|
||||
"building-organic-molecules_task9",
|
||||
"naming-a-molecule_task1",
|
||||
"using-qtaim-and-wfn_task2",
|
||||
"viewing-electrostatic-potential_task1"
|
||||
],
|
||||
"ovito": [
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||||
@@ -56,7 +51,6 @@
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||||
"export_task1",
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||||
"marker_particles_task2",
|
||||
"miscellaneous_task1",
|
||||
"python_extensions_task1",
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||||
"transparent_particles_task1",
|
||||
"viewports_task1",
|
||||
"viewports_task2",
|
||||
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