updata avogadro examples

evaluation_examples/examples/avogadro/building-metal-complexes_task7.json

@@ -39,7 +39,6 @@
   "possibility_of_env_change": "low",
   "metadata": {
     "input_files": [],
-    "steps": "1. 在键盘上按下快捷键 Ctrl+3，或在工具栏中单击 \"Template Tool\" 图标按钮以激活模板工具。\n2. 在左侧界面的 Template Tool 设置面板中，单击选中 \"Centers\" 选项卡。\n3. 在键盘上依次按下字母键 'Z' 和 'r'，将中心元素选定为锆 (Zirconium)。\n4. 在键盘上连续按下 '+' 键 4 次，将中心原子的形式电荷 (formal charge) 设置为 +4。\n5. 在键盘上按下数字键 '4'，选择四面体 (tetrahedral) 作为配位几何构型。\n6. 将鼠标指针移动到中间的主绘图视口的空白区域，单击鼠标左键，放置一个带有四个氢原子的锆中心骨架。\n7. 在左侧界面的 Template Tool 设置面板中，单击选中 \"Ligands\" 选项卡。\n8. 在键盘上依次按下字母键 'c' 和 'p'，选定环戊二烯基 (η5-cyclopentadienyl) 作为配体。\n9. 将鼠标指针移动到主绘图视口中锆中心上的任意一个氢原子球体上，单击鼠标左键，将其替换为第一个 Cp 配体环。\n10. 将鼠标指针移动到与刚才位置相邻的另一个氢原子球体上，单击鼠标左键，将其替换为第二个 Cp 配体环。\n11. 在键盘上按下快捷键 Ctrl+2，或在工具栏中单击 \"Draw Tool\" 图标按钮以切换到绘制工具。\n12. 在左侧界面的 Draw Tool 设置面板中，单击 \"Element\" 右侧的下拉菜单选框。\n13. 在展开的元素列表中，单击选择 \"Chlorine (17)\"（或直接在键盘输入 'Cl' 选择氯元素）。\n14. 将鼠标指针移动到主绘图视口中剩余的第一个氢原子球体上，单击鼠标左键，将其替换为氯配体。\n15. 将鼠标指针移动到主绘图视口中最后一个氢原子球体上，单击鼠标左键，将其替换为第二个氯配体。",
-    "steps_original": "1. 打开 Template Tool，点击 Centers 选项卡。\n2. 输入 'Zr' 或选择锆元素。\n3. 点击四次 '+'，将正电荷设置为 +4。\n4. 按键 '4'，选择四面体几何形状。\n5. 在空白区域放置锆中心。\n6. 切换到 Ligands 选项卡，输入 'cp' 或选择环戊二烯基。\n7. 点击一个氢原子，添加第一个 Cp 配体。\n8. 点击相邻氢，添加第二个 Cp 配体。\n9. 切换到 Draw Tool（快捷键 Ctrl+2）。\n10. 选择 Cl 元素。\n11. 点击两个剩余氢原子，每次点击替换为氯配体。"
-  }
+"steps": "1. 在键盘上按下快捷键 Ctrl+3，或在在工具栏中单击 'Template Tool'（模板）图标按钮以激活模板工具。\n2. 在左侧界面的模板设置面板中，单击选中 '居中' 选项卡。\n3. 单击 '元素' 右侧的下拉菜单，在展开的列表中单击 '其他'，在弹出的元素周期表中找到并单击选择锆元素 'Zr'。\n4. 在 '形式电荷' 右侧，单击向上箭头 4 次，将形式电荷设置为 +4。\n5. 单击 '坐标' 右侧的下拉菜单，选择 '4: Tetrahedral' 四面体配位几何构型。\n6. 将鼠标指针移动到中间主绘图视口的空白区域，单击鼠标左键，放置一个带有四个氢原子的锆中心骨架。\n7. 在左侧界面的模板设置面板中，单击选中 'Ligands' 选项卡。\n8. 单击 '类型' 下拉菜单，选择 'Haptic'。\n9. 在 'Ligand' 对话框列表中，单击选中 '其他'，然后在弹出界面中选择eta5-Cp-cyclopentyl.cjson，最后点击插入·。\n9. 将鼠标指针移动到主绘图视口中锆中心上的任意一个氢原子球体上，单击鼠标右左键，将其替换为第一个 Cp 配体环。\n10. 将鼠标指针移动到相邻的另一个氢原子球体上，单击鼠标左键，将其替换为第二个 Cp 配体环。\n11. 在工具栏中单击 'Draw Tool'（绘制）图标按钮切换到绘制工具。\n12. 在左侧 Draw Tool 设置面板中，单击 '元素' 右侧的下拉菜单，选择 'Chlorine (17)' 氯元素。\n13. 将鼠标指针移动到主绘图视口中剩余的第一个氢原子球体上，单击鼠标左键，将其替换为氯配体。\n14. 将鼠标指针移动到最后一个氢原子球体上，单击鼠标左键，将其替换为第二个氯配体。",
+"steps_original": "1. 按下 Ctrl+3 或点击工具栏中的模板工具图标激活模板工具。\n2. 在左侧面板中点击 '居中' 选项卡，展开元素下拉菜单选择 '其他'，在元素周期表中选择锆元素 Zr。\n3. 点击形式电荷右侧向上箭头 4 次，将电荷设置为 +4。\n4. 在坐标下拉菜单中选择 4: Tetrahedral 四面体构型。\n5. 在视口空白区域单击放置带有四个氢原子的锆中心骨架。\n6. 点击 'Ligands' 选项卡，在类型下拉菜单中选择 Haptic。\n7. 在 Ligand 列表中选择 '其他'，在弹出界面中选择 eta5-Cp-cyclopentyl.cjson 并点击插入。\n8. 点击锆中心的一个氢原子替换为第一个 Cp 配体，再点击相邻氢原子替换为第二个 Cp 配体。\n9. 切换到 Draw Tool 绘制工具，在元素下拉菜单中选择 Chlorine (17)。\n10. 点击剩余两个氢原子，分别替换为两个氯配体。"  }
 }

evaluation_examples/examples/avogadro/building-organic-molecules_task1.json

@@ -39,7 +39,7 @@
   "possibility_of_env_change": "low",
   "metadata": {
     "input_files": [],
-    "steps": "1. 点击菜单栏 Build(构建) → Insert(插入) → Molecule(分子…)，打开\"插入片段\"对话框。\n2. 在\"筛选\"输入框中输入 benzene。\n3. 筛选结果会显示一个 aromatics 文件夹（树形结构），需要双击或点击展开该文件夹。\n4. 展开后选中列表中的 benzene.cjson 文件。\n5. 点击\"插入\"按钮将苯环插入到工作区。\n6. 点击关闭按钮关闭\"插入片段\"对话框，确认苯环已显示在主工作界面中。",
+    "steps": "1. 点击菜单栏构建(B) → 插入(I) → 分子…，打开\"插入片段\"对话框。\n2. 在\"筛选\"输入框中输入 benzene。\n3. 筛选结果会显示一个 aromatics 文件夹（树形结构），需要双击或点击展开该文件夹。\n4. 展开后选中列表中的 benzene.cjson 文件。\n5. 点击\"插入\"按钮将苯环插入到工作区。\n6. 点击关闭按钮关闭\"插入片段\"对话框，确认苯环已显示在主工作界面中。",
     "steps_original": "1. 点击 Build → Insert → Molecule。\n2. 搜索 'benzene' 并确定插入该分子。\n3. 确保苯环显示在工作界面中。"
   }
 }

evaluation_examples/examples/avogadro/building-organic-molecules_task3.json

@@ -39,7 +39,6 @@
   "possibility_of_env_change": "low",
   "metadata": {
     "input_files": [],
-    "steps": "1. 在键盘上输入大写字母 \"N\"（可使用 Shift + n 组合键），在当前的模板工具中选择硝基（Nitro group）。\n2. 在主界面的 3D 分子视图区中，定位到甲苯分子上与甲基基团直接相对的对位（para position）氢原子。\n3. 单击该对位氢原子，将其替换为硝基（-NO2），以生成 4-硝基甲苯分子。\n4. 按下键盘组合键 \"Ctrl+Alt+O\"，运行几何优化（Geometry Optimization），以清理并确保最终分子结构的正确性。",
-    "steps_original": "1. 按 'N' 键选择硝基。\n2. 点击甲基对位（苯环上的一个氢原子），将其替换为 -NO2。\n3. 确保分子结构正确。"
-  }
+    "steps": "1. 按下 Ctrl+N 新建文件。\n2. 单击菜单栏 '构建(B)' → '插入(I)' → 'SMILES...'。\n3. 输入甲苯 SMILES 字符串 'Cc1ccccc1'，单击 'OK' 生成甲苯分子。\n4. 在工具栏中单击 'Draw Tool' 图标激活绘制工具。\n5. 在左侧 Draw Tool 面板中，取消勾选 '调整氢原子数目'。\n6. 单击 '元素' 下拉菜单，选择 '其他'，在元素周期表中选择氮元素 'N'。\n7. 在主视口中找到甲苯苯环上与甲基相对的对位氢原子，单击将其替换为氮原子。\n8. 单击 '元素' 下拉菜单选择氧元素 'O'，键级选择 '双键'。\n9. 单击氮原子，添加第一个双键氧原子。\n10. 将键级改为 '单键'，再次单击氮原子，添加第二个单键氧原子，完成 -NO2 结构。\n11. 按下 'Ctrl+Alt+O' 运行几何优化确保分子结构正确。",
+    "steps_original": "1. 按 Ctrl+N 新建文件，通过 构建 → 插入 → SMILES 输入 'Cc1ccccc1' 生成甲苯分子。\n2. 激活 Draw Tool，选择氮元素 N，点击苯环对位氢原子替换为氮原子。\n3. 选择氧元素 O，分别以双键和单键方式在氮原子上添加两个氧原子，完成 -NO2 结构。\n4. 按 Ctrl+Alt+O 运行几何优化确保分子结构正确。"  }
 }

evaluation_examples/examples/avogadro/building-organic-molecules_task5.json

@@ -39,7 +39,7 @@
   "possibility_of_env_change": "low",
   "metadata": {
     "input_files": [],
-    "steps": "1. 在软件主工具栏中，单击选中 \"Draw Tool\" 工具图标。\n2. 在主视窗的空白3D显示区域中，单击鼠标左键，绘制生成一个单碳结构（甲烷，包含一个碳和四个氢）。\n3. 按下键盘快捷键 Ctrl+3（或单击主工具栏上的 Template Tool 图标），激活 \"Template Tool\"。\n4. 在 Template Tool 的面板中，单击选中 \"Groups\" 选项卡（或按键盘右方向键两次切换到该选项卡）。\n5. 在键盘上输入大写字母 C（或输入 co2），以选择羧基（carboxylate）模板。\n6. 将鼠标光标移动到主视窗中刚绘制的单碳结构上，对准其中任意一个氢原子（白色球体）。\n7. 单击鼠标左键，将该氢原子替换为羧基（-COOH），完成结构的添加。",
+    "steps": "1. 在工具栏中单击 'Draw Tool' 图标激活绘制工具。\n2. 在左侧 Draw Tool 面板中，单击 '元素' 下拉菜单，选择 '碳 (6)'，键级勾选单键。\n3. 勾选 '调整氢原子数目' 复选框。\n4. 在主视口空白区域单击鼠标左键，生成一个单碳结构（甲烷，CH₄）。\n5. 按下快捷键 Ctrl+3 或单击工具栏上的 'Template Tool' 图标激活模板工具。\n6. 在左侧模板面板中，单击选中 '群组' 选项卡。\n7. 在群组列表中找到并单击选择羧基（carboxylate/-COOH）模板。\n8. 将鼠标移动到主视口中甲烷结构上的任意一个氢原子（白色球体）上。\n9. 单击该氢原子，将其替换为羧基（-COOH），完成结构添加。",
     "steps_original": "1. 使用 Draw Tool 在界面中绘制一个单碳。\n2. 激活 Template Tool，通过按 Ctrl+3 或点击工具栏上的图标进入 Groups。\n3. 按 'C' 或 'co' 选择羧基。\n4. 点击单碳结构上的一个氢原子，将其替换为羧基。"
   }
 }

evaluation_examples/examples/avogadro/building-organic-molecules_task9.json

@@ -39,7 +39,7 @@
   "possibility_of_env_change": "low",
   "metadata": {
     "input_files": [],
-    "steps": "1. 单击顶部菜单栏的 \"Build\"。\n2. 在弹出的下拉菜单中，将鼠标悬停在 \"Insert\" 上以展开子菜单。\n3. 单击子菜单中的 \"Molecule...\"，打开分子插入对话框。\n4. 将鼠标光标定位到对话框的搜索输入框中，输入文本 \"benzene\"。\n5. 在下方显示的搜索结果列表中，单击选中 \"benzene\" 项。\n6. 单击对话框上的 \"Insert\" (或对应的确认) 按钮，将苯环插入到主绘图区。\n7. 按下键盘快捷键 `Ctrl+3`，激活 \"Template Tool\"（模板工具）。\n8. 在界面左侧（或右侧）的工具选项面板中，单击选中 \"Groups\" 标签页（或按两次键盘右方向键 `->` 进行切换）。\n9. 在键盘上直接输入大写字母 `C`，以设定当前要添加的官能团为羧基 (Carboxyl)。\n10. 在主绘图区中，单击苯环上的任意一个白色氢原子球（计为位置1），将其替换为羧基。\n11. 在键盘上直接输入大写字母 `N`，以设定当前要添加的官能团为硝基 (Nitro)。\n12. 在主绘图区中，单击苯环上与羧基相隔一个碳原子的白色氢原子球（间位，即位置3），将其替换为硝基。\n13. 在键盘上直接输入小写字母 `om`，以设定当前要添加的官能团为甲氧基 (Methoxy)。\n14. 在主绘图区中，单击苯环上与羧基处于正对面的白色氢原子球（对位，即位置4），将其替换为甲氧基。\n15. 按下键盘快捷键 `Ctrl+Alt+O`，调用优化功能清理并自动调整分子的几何空间构型。",
-    "steps_original": "1. 插入苯环。\n2. 按 'C' 键选择羧基，并添加到苯环的第 1 个位置。\n3. 按 'N' 键选择硝基，并添加到苯环的第 3 个位置。\n4. 按 'om' 键选择甲氧基，并添加到苯环的第 4 个位置。\n5. 使用优化工具进行几何优化并检查分子是否正确。"
+    "steps": "1. 单击菜单栏 '构建(B)' → '插入(I)' → '分子...'，在筛选框中输入 'benzene'，选中 benzene 后单击 '插入'，将苯环插入主绘图区。\n2. 按下快捷键 Ctrl+3 激活 Template Tool 模板工具。\n3. 在左侧模板面板中单击选中 '群组' 选项卡。\n4. 在群组列表中单击 '其他'，在弹出的插入片段对话框筛选框中输入 'Carboxyl'，展开 'oxygen' 文件夹，单击选中 'carboxylate.cjson'，单击 '插入' 按钮。\n5. 在主绘图区单击苯环上任意一个氢原子（位置1），将其替换为羧基。\n6. 在群组列表中单击 '其他'，在筛选框中输入 'Nitro'，在列表中单击选中 'nitro.cjson'，单击 '插入' 按钮。\n7. 在主绘图区单击苯环上与羧基相隔一个碳的氢原子（位置3），将其替换为硝基。\n8. 在群组列表中单击 '其他'，在筛选框中输入 'Methoxy'，展开 'alkoxy' 文件夹，单击选中 'methoxy.cjson'，单击 '插入' 按钮。\n9. 在主绘图区单击苯环上与羧基正对的氢原子（位置4），将其替换为甲氧基。\n10. 按下 'Ctrl+Alt+O' 运行几何优化确保分子结构正确。",
+    "steps_original": "1. 通过 构建 → 插入 → 分子... 搜索 benzene 插入苯环。\n2. 按 Ctrl+3 激活模板工具，进入群组选项卡，点击其他，搜索 Carboxyl 选择 carboxylate.cjson 插入，点击苯环位置1的氢原子替换为羧基。\n3. 点击其他，搜索 Nitro 选择 nitro.cjson 插入，点击苯环位置3的氢原子替换为硝基。\n4. 点击其他，搜索 Methoxy 选择 methoxy.cjson 插入，点击苯环位置4的氢原子替换为甲氧基。\n5. 按 Ctrl+Alt+O 运行几何优化确保分子结构正确。"
   }
 }

evaluation_examples/examples/avogadro/naming-a-molecule_task1.json

@@ -39,7 +39,6 @@
   "possibility_of_env_change": "low",
   "metadata": {
     "input_files": [],
-    "steps": "1. 打开 Avogadro 软件。\n2. 在软件顶部菜单栏中，单击 \"Analysis\" 菜单。\n3. 在弹出的下拉菜单中，单击 \"Properties\" 菜单项以展开下一级子菜单。\n4. 在弹出的子菜单中，单击 \"Molecular...\" 菜单项。\n5. 等待名为 \"Molecular Properties\" 的对话框窗口弹出。\n6. 在 \"Molecular Properties\" 窗口中，查看 \"Molecule Name\" 标签右侧显示的文本，获取分子的 IUPAC 名称。\n7. 在同一个窗口中，继续查看 \"Molecular Mass (g/mol)\"、\"Chemical Formula\"、\"Number of Atoms\" 和 \"Number of Bonds\" 标签右侧对应的属性数值。\n8. 查看完毕后，单击窗口右下角的蓝色 \"OK\" 按钮以关闭该对话框。",
-    "steps_original": "1. 打开 Avogadro 软件。\n2. 点击菜单栏中的 Analysis。\n3. 从下拉菜单选择 Properties。\n4. 点击 Molecular...。\n5. 在弹出的 'Molecular Properties' 窗口中查看分子的名字和相关信息，例如分子质量、化学式、原子数和键数。"
-  }
+    "steps": "1. 打开 Avogadro 软件，确保已有分子载入。\n2. 在软件顶部菜单栏中，单击 'Analyze' 菜单。\n3. 在弹出的下拉菜单中，将鼠标悬停在 '属性(P)' 菜单项上以展开子菜单。\n4. 在弹出的子菜单中，单击 '分子的(M)...' 菜单项。\n5. 等待 '分子属性' 对话框窗口弹出。\n6. 在对话框中查看 'Molecule Name' 右侧显示的 IUPAC 名称。\n7. 继续查看 'Molecular Mass (g/mol)'、'Monoisotopic Mass (g/mol)'、'Chemical Formula'、'Number of Atoms'、'Number of Bonds'、'Net Charge' 和 'Net Spin Multiplicity' 等属性数值。\n8. 查看完毕后单击窗口右上角的关闭按钮关闭对话框。",
+    "steps_original": "1. 打开 Avogadro 软件，确保已有分子载入。\n2. 单击菜单栏中的 'Analyze'。\n3. 将鼠标悬停在 '属性(P)' 上展开子菜单。\n4. 单击 '分子的(M)...'。\n5. 在弹出的 '分子属性' 窗口中查看分子的 IUPAC 名称、分子质量、单同位素质量、化学式、原子数、键数、净电荷和净自旋多重度等相关信息。"  }
 }

evaluation_examples/examples/avogadro/using-qtaim-and-wfn_task2.json

@@ -39,7 +39,7 @@
   "possibility_of_env_change": "low",
   "metadata": {
     "input_files": [],
-    "steps": "1. 在软件主界面中，找到标有 \"Display Types\" 的面板区域。\n2. 在 \"Display Types\" 面板的选项列表中，滚动查找并定位到标有 \"QTAIM\" 的选项。\n3. 单击 \"QTAIM\" 选项左侧的复选框，确保其处于被勾选状态。\n4. 在同一个 \"Display Types\" 面板的选项列表中，滚动查找并定位到标有 \"Ball and Stick\" 的选项。\n5. 单击 \"Ball and Stick\" 选项左侧的复选框，将其取消勾选。",
-    "steps_original": "1. 定位到软件界面中的 Display Types（显示类型）面板\n2. 在列表中找到 QTAIM 选项，并勾选其左侧的复选框\n3. 在同一列表中找到 Ball and Stick 选项\n4. 取消勾选 Ball and Stick 的复选框以隐藏经典模型"
+    "steps": "1. 在软件主界面左侧，找到标有 '显示类型' 的面板区域。\n2. 在 '显示类型' 面板的选项列表中，找到 'QTAIM（分子中原子的量子论）' 选项。\n3. 单击 'QTAIM（分子中原子的量子论）' 左侧的复选框，确保其处于勾选状态。\n4. 在同一面板中，找到 '球棍模型' 选项。\n5. 单击 '球棍模型' 左侧的复选框，将其取消勾选。",
+    "steps_original": "1. 在软件主界面左侧找到 '显示类型' 面板。\n2. 在列表中找到 'QTAIM（分子中原子的量子论）' 选项，勾选其左侧的复选框。\n3. 在同一列表中找到 '球棍模型' 选项，取消勾选其复选框以隐藏球棍模型。"  
   }
 }

evaluation_examples/examples/avogadro/viewing-electrostatic-potential_task1.json

@@ -1,7 +1,7 @@
 {
   "id": "viewing-electrostatic-potential_task1",
   "snapshot": "avogadro",
-  "instruction": "在 Avogadro 中通过 Analyze → Create Surfaces 菜单创建 Van der Waals 表面并设置电荷分布可视化。",
+  "instruction": "在 Avogadro 中通过 Analyze → 创建表面...菜单创建 Van der Waals 表面并设置电荷分布可视化。",
   "source": "custom",
   "config": [
     {
@@ -39,7 +39,7 @@
   "possibility_of_env_change": "low",
   "metadata": {
     "input_files": [],
-    "steps": "1. 单击顶部菜单栏的 \"Analyze\" 菜单项。\n2. 在展开的下拉菜单中，单击选中 \"Create Surfaces...\" 选项。\n3. 在弹出的 \"Create Surfaces\" 对话框中，单击 \"Surface:\" 标签右侧的下拉菜单。\n4. 在展开的下拉列表中，单击选中 \"Van der Waals\" 选项。\n5. 单击 \"Color by:\" 标签右侧的第一个下拉菜单。\n6. 在展开的下拉列表中，单击选中 \"Electrostatic Potential\" 选项。\n7. 单击 \"Color by:\" 行右侧的第二个下拉菜单（位于 Electrostatic Potential 右侧）。\n8. 在展开的下拉列表中，单击选中 \"EEM\" 选项。\n9. 单击 \"Colormap:\" 标签右侧的下拉菜单。\n10. 在展开的下拉列表中，单击选中 \"Balance\" 选项。\n11. 单击对话框左下角的 \"Calculate\" 按钮。\n12. 等待计算完成后，单击对话框右下角的 \"Close\" 按钮关闭该对话框。",
-    "steps_original": "1. 打开 Avogadro 软件并加载目标分子的模型。\n2. 通过菜单栏选择 Analyze → Create Surfaces。\n3. 在弹出的 Create Surfaces 对话框中，将 Surface 设置为 'Van der Waals'。\n4. 将 Color By 设置为 'Electrostatic Potential'。\n5. 选择一个电荷模型（例如 'EEM'）。\n6. 选择色阶为 'Balance'。\n7. 点击 'Calculate' 按钮开始计算表面。\n8. 等待软件完成计算，点击 'Close' 关闭对话框。"
+    "steps": "1. 单击菜单栏中的 'Analyze' 菜单。\n2. 在下拉菜单中单击 '创建表面...' 选项。\n3. 在弹出的 '创建表面' 对话框中，确认 '表面' 下拉菜单已选择 'Van der Waals'。\n4. 单击 '着色按' 右侧的第一个下拉菜单，在展开列表中单击选中 '静电势'。\n5. 确认 '着色按' 右侧第二个下拉菜单的选项（如有 EEM 则选择 EEM）。\n6. 单击 'Colormap' 右侧下拉菜单，选择合适的色阶选项。\n7. 单击对话框左下角的 '计算' 按钮开始计算。\n8. 等待计算完成后，单击右下角 '关闭' 按钮关闭对话框。",
+    "steps_original": "1. 单击菜单栏 'Analyze' → '创建表面...'。\n2. 在弹出的对话框中确认表面设置为 'Van der Waals'。\n3. 将 '着色按' 设置为 '静电势'。\n4. 根据可用选项设置色阶。\n5. 单击 '计算' 按钮开始计算，完成后单击 '关闭'。"
   }
 }