updata avogadro examples
This commit is contained in:
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{
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"id": "using-qtaim-and-wfn_task1",
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"snapshot": "avogadro",
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"instruction": "在 Avogadro 中，使用 QTAIM 插件的 Molecular Graph with Lone Pairs 功能打开 b2h6.wfn 文件。",
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"source": "custom",
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"config": [
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{
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"type": "launch",
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"parameters": {
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"command": [
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"C:\\Avogadro2\\bin\\avogadro2.exe"
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]
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}
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},
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{
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"type": "sleep",
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"parameters": {
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"seconds": 5
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}
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}
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],
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"trajectory": "trajectories/",
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"related_apps": [
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"avogadro"
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],
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"evaluator": {
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"postconfig": [
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{
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"type": "sleep",
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"parameters": {
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"seconds": 3
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}
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}
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],
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"func": "vllm_eval"
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},
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"proxy": false,
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"fixed_ip": false,
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"possibility_of_env_change": "low",
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"metadata": {
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"input_files": [
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"b2h6.wfn"
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],
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"steps": "1. 单击顶部菜单栏中的 \"Extensions\" 菜单项\n2. 将鼠标悬停在弹出的下拉菜单中的 \"QTAIM\" 菜单项上以展开子菜单\n3. 单击展开的子菜单中的 \"Molecular Graph with Lone Pairs...\" 菜单项\n4. 在弹出的文件选择窗口的文件列表中，单击选中名为 \"b2h6.wfn\" 的文件项\n5. 单击文件选择窗口右下角的 \"Open\" 按钮",
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"steps_original": "1. 点击顶部菜单栏的 Extensions\n2. 在下拉菜单中悬停于 QTAIM 以展开子菜单\n3. 点击选择 Molecular Graph with Lone Pairs...\n4. 在弹出的文件选择窗口中，找到并选中 b2h6.wfn 文件\n5. 点击 Open 按钮加载文件并启动分析"
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}
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}
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@@ -1,47 +0,0 @@
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{
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"id": "using-qtaim-and-wfn_task3",
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"snapshot": "avogadro",
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"instruction": "在 Avogadro 中，完整执行 QTAIM 电子密度分析流程：加载 b2h6.wfn 文件并将界面设置为仅显示 QTAIM 元素的模式。",
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"source": "custom",
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"config": [
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{
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"type": "launch",
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"parameters": {
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"command": [
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"C:\\Avogadro2\\bin\\avogadro2.exe"
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]
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}
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},
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{
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"type": "sleep",
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"parameters": {
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"seconds": 5
|
||||
}
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}
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],
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||||
"trajectory": "trajectories/",
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"related_apps": [
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"avogadro"
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||||
],
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||||
"evaluator": {
|
||||
"postconfig": [
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{
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||||
"type": "sleep",
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"parameters": {
|
||||
"seconds": 3
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||||
}
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||||
}
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||||
],
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||||
"func": "vllm_eval"
|
||||
},
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||||
"proxy": false,
|
||||
"fixed_ip": false,
|
||||
"possibility_of_env_change": "low",
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"metadata": {
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||||
"input_files": [
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||||
"b2h6.wfn"
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||||
],
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"steps": "1. 单击顶部菜单栏的 \"Extensions\" 菜单项。\n2. 在展开的下拉菜单中，单击（或鼠标悬停） \"QTAIM\" 菜单项以展开子菜单。\n3. 在弹出的级联子菜单中，单击选中 \"Molecular Graph with Lone Pairs...\" 选项。\n4. 在弹出的文件选择对话框的文件列表中，单击选中名为 \"b2h6.wfn\" 的文件。\n5. 单击对话框右下角的 \"Open\" 按钮。\n6. 等待界面弹出包含 \"Electron Density Sources Search\" 文本的进度条对话框，并等待该对话框完成处理并自动消失。\n7. 在界面侧边栏的 \"Display Types\" 列表中，向下查找并定位到 \"QTAIM\" 选项。\n8. 单击 \"QTAIM\" 选项左侧的复选框，将其状态设置为勾选。\n9. 在同一个 \"Display Types\" 列表中，向上查找并定位到 \"Ball and Stick\" 选项。\n10. 单击 \"Ball and Stick\" 选项左侧的复选框，将其状态设置为取消勾选。",
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||||
"steps_original": "1. 依次点击菜单栏的 Extensions -> QTAIM -> Molecular Graph with Lone Pairs...\n2. 在文件对话框中选中 b2h6.wfn 文件，并点击 Open 按钮\n3. 等待弹出的 Electron Density Sources Search 进度条完成并消失\n4. 在界面的 Display Types 列表中，勾选 QTAIM 选项以显示 AIM 注释\n5. 在同一列表中，取消勾选 Ball and Stick 选项以获得纯净的 QTAIM 视角"
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}
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}
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{
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"id": "viewing-molecular-orbitals_task1",
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"snapshot": "avogadro",
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"instruction": "在 Avogadro 中，打开桌面上的 benzene.fchk 文件，并在自动弹出的 Molecular Orbitals 窗口中点击渲染 LUMO 轨道",
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"source": "custom",
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"config": [
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{
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||||
"type": "launch",
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"parameters": {
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||||
"command": [
|
||||
"C:\\Avogadro2\\bin\\avogadro2.exe"
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||||
]
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}
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},
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{
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||||
"type": "sleep",
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"parameters": {
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||||
"seconds": 5
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}
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||||
}
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||||
],
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||||
"trajectory": "trajectories/",
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"related_apps": [
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"avogadro"
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],
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"evaluator": {
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"postconfig": [
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{
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"type": "sleep",
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"parameters": {
|
||||
"seconds": 3
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||||
}
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}
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||||
],
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||||
"func": "vllm_eval"
|
||||
},
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||||
"proxy": false,
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||||
"fixed_ip": false,
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||||
"possibility_of_env_change": "low",
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"metadata": {
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"input_files": [
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"benzene.fchk"
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||||
],
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"steps": "1. 在顶部菜单栏中，单击 \"File\" 菜单\n2. 在展开的下拉菜单中，单击 \"Open...\" 选项\n3. 在弹出的文件选择对话框中，单击左侧导航栏的\"桌面\"（Desktop）目录\n4. 在右侧的文件列表中，单击选中 \"benzene.fchk\" 文件\n5. 单击对话框右下角的\"打开\"（Open）按钮以加载文件\n6. 等待并定位到自动弹出的 \"Molecular Orbitals\" 窗口的轨道数据表格\n7. 在表格中，单击选中 \"Orbital\" 列文本为 \"LUMO\" 的数据行以在主视图中渲染该轨道",
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||||
"steps_original": "1. 通过 File → Open 打开桌面上的 benzene.fchk 文件（此时会自动弹出 Molecular Orbitals 窗口）\n2. 在 Molecular Orbitals 窗口的表格中，找到并点击 Orbital 列名为 'LUMO' 的行以渲染该轨道"
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}
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}
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@@ -1,47 +0,0 @@
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{
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"id": "viewing-molecular-orbitals_task2",
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"snapshot": "avogadro",
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||||
"instruction": "在 Avogadro 中，打开桌面上的 benzene.fchk 文件，将 LUMO 轨道的渲染质量设置为 High 并重新渲染",
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||||
"source": "custom",
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||||
"config": [
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||||
{
|
||||
"type": "launch",
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||||
"parameters": {
|
||||
"command": [
|
||||
"C:\\Avogadro2\\bin\\avogadro2.exe"
|
||||
]
|
||||
}
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||||
},
|
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{
|
||||
"type": "sleep",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"seconds": 5
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
],
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||||
"trajectory": "trajectories/",
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||||
"related_apps": [
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||||
"avogadro"
|
||||
],
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||||
"evaluator": {
|
||||
"postconfig": [
|
||||
{
|
||||
"type": "sleep",
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||||
"parameters": {
|
||||
"seconds": 3
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
],
|
||||
"func": "vllm_eval"
|
||||
},
|
||||
"proxy": false,
|
||||
"fixed_ip": false,
|
||||
"possibility_of_env_change": "low",
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||||
"metadata": {
|
||||
"input_files": [
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||||
"benzene.fchk"
|
||||
],
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||||
"steps": "1. 单击顶部菜单栏的 \"File\" 菜单\n2. 在展开的下拉菜单中，单击选择 \"Open...\" 选项\n3. 在弹出的文件选择对话框中，在左侧导航栏或地址栏中单击定位到桌面 (Desktop)\n4. 在文件列表中，单击选中 \"benzene.fchk\" 文件\n5. 单击对话框右下角的 \"Open\" (或\"打开\") 按钮\n6. 在自动弹出的 \"Molecular Orbitals\" 窗口中，定位到包含 Orbital、Energy (eV) 和 Status 列的表格\n7. 在表格中，单击选中 \"Orbital\" 列显示为 \"LUMO\" 的行\n8. 单击窗口底部 \"Quality:\" 标签右侧的下拉菜单 (当前默认显示为 \"Medium\")\n9. 在弹出的下拉列表中，单击选中 \"High\" 选项\n10. 单击下拉菜单右侧的 \"Render\" 按钮",
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||||
"steps_original": "1. 通过 File → Open 打开桌面上的 benzene.fchk 文件\n2. 在自动弹出的 Molecular Orbitals 窗口表格中，点击选中 'LUMO' 轨道\n3. 点击窗口底部的 'Quality' 下拉菜单，将选项从默认的 'Medium' 更改为 'High'\n4. 点击右侧的 'Render' 按钮进行高质量渲染"
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}
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}
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@@ -1,47 +0,0 @@
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{
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"id": "viewing-vibrations_task1",
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"snapshot": "avogadro",
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||||
"instruction": "在 Avogadro 中，打开频率计算文件 freq.out，在振动模式窗口中选择频率为 1264.47 cm⁻¹ 的模式并开始播放动画。",
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||||
"source": "custom",
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||||
"config": [
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||||
{
|
||||
"type": "launch",
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||||
"parameters": {
|
||||
"command": [
|
||||
"C:\\Avogadro2\\bin\\avogadro2.exe"
|
||||
]
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": "sleep",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"seconds": 5
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
],
|
||||
"trajectory": "trajectories/",
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||||
"related_apps": [
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||||
"avogadro"
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||||
],
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||||
"evaluator": {
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||||
"postconfig": [
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||||
{
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||||
"type": "sleep",
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||||
"parameters": {
|
||||
"seconds": 3
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
],
|
||||
"func": "vllm_eval"
|
||||
},
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||||
"proxy": false,
|
||||
"fixed_ip": false,
|
||||
"possibility_of_env_change": "low",
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||||
"metadata": {
|
||||
"input_files": [
|
||||
"freq.out"
|
||||
],
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||||
"steps": "1. 单击顶部菜单栏的 \"File\" 菜单项\n2. 在展开的下拉菜单中，单击 \"Open...\" 菜单项\n3. 在弹出的文件选择对话框中，单击左侧导航面板中的 \"桌面\"（或 Desktop）选项\n4. 在对话框的文件列表区域中，单击选中名为 \"freq.out\" 的文件\n5. 单击文件选择对话框右下角的 \"打开\"（或 Open）按钮（此时会自动弹出 \"Vibrational Modes\" 窗口）\n6. 定位到新弹出的 \"Vibrational Modes\" 窗口中央的数据表格\n7. 在该数据表格中，单击选中第一列序号为 \"8\" 且 \"Frequency (cm⁻¹)\" 列为 \"1264.47\" 的所在行\n8. 定位到 \"Vibrational Modes\" 窗口的底部区域\n9. 单击标签为 \"Start Animation\" 的按钮",
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||||
"steps_original": "1. 在 Avogadro 中，通过 File → Open 菜单打开桌面上的 freq.out 文件（此时会自动弹出 Vibrational Modes 窗口）\n2. 在 Vibrational Modes 窗口的列表中，找到并点击选中序号为 8、Frequency 为 1264.47 cm⁻¹ 的行\n3. 点击窗口右下角的 Start Animation 按钮开始播放分子的振动动画"
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}
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||||
}
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@@ -1,47 +0,0 @@
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{
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||||
"id": "viewing-vibrations_task2",
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||||
"snapshot": "avogadro",
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||||
"instruction": "在 Avogadro 中，打开包含拉曼光谱计算结果的文件 raman.out，播放 1188.7 cm⁻¹ 频率的振动动画，调大振动幅度后停止播放。",
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"source": "custom",
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||||
"config": [
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||||
{
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||||
"type": "launch",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"command": [
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||||
"C:\\Avogadro2\\bin\\avogadro2.exe"
|
||||
]
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": "sleep",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"seconds": 5
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
],
|
||||
"trajectory": "trajectories/",
|
||||
"related_apps": [
|
||||
"avogadro"
|
||||
],
|
||||
"evaluator": {
|
||||
"postconfig": [
|
||||
{
|
||||
"type": "sleep",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"seconds": 3
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
],
|
||||
"func": "vllm_eval"
|
||||
},
|
||||
"proxy": false,
|
||||
"fixed_ip": false,
|
||||
"possibility_of_env_change": "low",
|
||||
"metadata": {
|
||||
"input_files": [
|
||||
"raman.out"
|
||||
],
|
||||
"steps": "1. 点击软件顶部菜单栏的 \"File\" 菜单项\n2. 在展开的下拉菜单中，单击 \"Open...\" 选项\n3. 在弹出的文件选择对话框中，通过侧边栏或路径栏点击进入桌面目录\n4. 在文件列表中，单击选中名为 \"raman.out\" 的文件\n5. 点击对话框右下角的 \"Open\"（或“打开”）按钮\n6. 等待自动弹出 \"Vibrational Modes\" 窗口后，在该窗口的表格列表中，找到第一列为 \"7\"、\"Frequency (cm⁻¹)\" 列为 \"1188.7\" 的数据行\n7. 单击该数据行将其选中\n8. 在窗口底部，单击标签文字为 \"Start Animation\" 的按钮\n9. 将鼠标光标移动到窗口底部 \"Amplitude:\" 标签右侧的滑块控件的手柄上\n10. 按下鼠标左键不放\n11. 向右移动鼠标拖动滑块手柄\n12. 松开鼠标左键\n13. 在窗口底部，单击标签文字为 \"Stop Animation\" 的按钮",
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"steps_original": "1. 在 Avogadro 中，通过 File → Open 菜单打开桌面上的 raman.out 文件，等待 Vibrational Modes 窗口自动出现\n2. 在列表中点击选中序号为 7、Frequency 为 1188.7 cm⁻¹ 的行\n3. 点击 Start Animation 按钮启动振动动画\n4. 使用鼠标按住窗口底部的 Amplitude 滑块并向右拖动，以增大振动显示的幅度\n5. 观察动画变化后，点击 Stop Animation 按钮停止播放"
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}
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}
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